未来での戦いも終わり中学３年生になったうさぎ達は、つかの間の平和な日々を取り戻していた。そんな折、予知夢を見る衛とレイ。不穏な気配が漂い始める。東京湾の埋め立て地に立てられた新設の私立無限学園に通う生徒が、次々に怪物に襲われる先祖返り減少が起こる。早速うさぎ達は偵察を開始。私立無限学園は既に新たなる敵・デス・バスターズの支配下に…。更に新たな二人のセーラー戦士が出現しとまどう、うさぎ達。私立無限学園で出会った天才レーサー天王はるかに、ドキドキが止まらず惹かれていくうさぎ。一方、ちびうさは無限学園創設者の娘、土萠ほたると知り合い、親しくなる。やがて土萠ほたるの隠された秘密が明らかになっていく…。
デッドムーンとの壮絶な戦いに勝利した月野うさぎたちセーラー戦士は、受験にも打ち勝ち、全員そろって高校１年生の新たな春を迎えた。新たな夢と希望に胸を膨らませて、新生活を満喫するうさぎたち。しかしある日のこと、封印されていたネヘレニアの耳に復讐をささやきかける声が聞こえてきた。新たなパワーを得てよみがえり、セーラー戦士を苦しめるネヘレニア。新たな地球の危機に、セーラーウラヌスたち外部太陽系セーラー戦士が再びセーラームーンのもとに集う。かくしてセーラー10戦士と復讐鬼と化したネヘレニアのラストバトルが開始された。銀河の彼方から、その戦いを見つめる冷ややかな目があることに気づかぬまま…｡
皆既日食によって太陽が姿を隠し、日本中が暗闇に包まれた。ひとときの平穏な日々を送るセーラー戦士たちも、この世紀の天体ショーを心ゆくまで楽しんでいる…。世界に日の光が戻った時、十番街の中心に奇妙な巨大テントが姿を現していた。その正体が何なのか、セーラー戦士たちには知るよしもない。その頃、修行中のちびうさは、夢の中で不思議なペガサスと出会っていた。幼い心を騒がせるちびうさ。ペガサスの出現は、セーラー戦士たちを再び過酷な戦いへと導く運命の前触れなのだろうか？美しい夢を持つ人々を襲い、世界征服を目論む謎のデッドムーンとの関係は？かつてない力を持った最強の敵との戦い。そして徐々に明らかになってゆくシリーズ最大の謎。さらなる進化を遂げたセーラー戦士たちの活躍が始まる！
うさぎたちの活躍で街は平穏を取り戻した。セーラームーンの未来の娘・ちびうさも未来の世界へ帰り、うさぎ・レイ・亜美・まこと・美奈子らセーラー戦士たちは中学３年生になって、穏やかな日常を過ごしていた。だがある日、霊感の強いレイが、世界が闇に包まれて崩壊する悪夢を見る。ただの夢なのか、それとも新たな危機の予兆なのか……？悪夢の原因を探ろうとしていたレイは、新たなる敵の差し向けた怪人・ダイモーンに襲撃される。駆けつけたうさぎはセーラームーンに変身、ダイモーンと闘うが、パワーアップした敵の強大な力に変身ブローチを破壊されてしまう！ だがその時、謎の新戦士が現れてダイモーンを撃退、取り戻したピュアな心の結晶を見て「これは“タリスマン”ではない」と言い残して去ってゆく……ダイモーンを操るデスバスターズと、新たなる戦士・セーラーウラヌスとセーラーネプチューン、そして愛の力でパワーアップしたセーラームーン。ピュアな心の結晶に宿るという“タリスマン”を巡って、今、三つ巴の戦いが始まった！
ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は！？さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる！！
月野うさぎは、ちょっぴりドジで泣き虫な１４歳の女の子でふつうの中学２年生。ある日黒ネコのルナから自分が月の戦士‘セーラームーン’だと告げられる。ほかのセーラー戦士とともに月のプリンセスを探して欲しいというのだ。うさぎは月の戦士セーラームーンとなって、街の人々からエナジーを奪うダークキングダムの妖魔と戦うことになった。はじめは慣れない戦いに苦戦するセーラームーン。しかしセーラームーンのそばには５人のセーラー戦士たち−水野亜美、火野レイ、木野まこと、そして愛野美奈子−が集まってくる。はたして月のプリンセスとは誰か、セーラームーンを見守るかのような謎の紳士タキシード仮面の目的は！？セーラー戦士とダークキングダムの戦いの行方は！？それらはやがて、うさぎを過酷な運命へと導いていくのだった。
