カードバトルで新章突入！オレが掘ったらすごいぞ！――ミコト姫の冒険からおよそ１０００年後。ドリランドからハンターが姿を消し、タブー視される様になった今の時代、ハンターに憧れる少年ハガン。家に代々伝わるドリルソードを発見したハガンは、次元の扉「真宝門（まほうもん）」を開けてしまい、ドリランドの別のワールドへと訪れてしまう。モンスターがはびこる月天使クララの神殿で、ハガンは現代のハンターと名乗る少女ハルカと運命の出会いを遂げた！
決して逃げない、ぜったい諦めない。自分達の未来だから・・・――故郷であるタラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったニル・ヴァーナの乗員達。彼らは危機を救うため、故郷への旅を急ぐ。途中、回収した脱出ポッドの中には奔放な少女「ミスティ」がコールドスリープしていた。彼女の乗っていたポッドに隠されていたメッセージにより、明らかになる驚くべき地球の現状と刈り取りの事実。そしてニル・ヴァーナの心臓部である青いペークシスとは全く別の、「負の感情」にリンクしている赤いペークシスが地球にあることを知る。戦闘を重ねるごとに攻撃力を上げていく敵の前に、本当の戦いはこれからだったことに気づくヒビキたち。ますます熾烈を極める敵の猛攻に、ヴァンドレッドはいよいよ最終形態へ！？はたして彼らは故郷を救えるのだろうか・・・・・・そして地球人の本当の目的は・・・？
貴方は覚えていますか？思春期のときめきを・・・――タラークの戦艦イカヅチを襲ったマグノ率いるメジェールの海賊船は、暴走したペークシスによってイカヅチの旧艦区と合体・融合させられ、戦艦ニルヴァーナになってしまった。地球の侵攻を知ったヒビキやディータ達は、その危機を知らせるべく、敵対しているハズの男女の呉越同船とも言える母星への帰還の旅が始まる・・・。
あの“金田一少年の事件簿”が帰ってくる！！――名探偵・金田一耕助の孫、金田一一（はじめ）。普段は冴えない高校生だが、事件が起きると幼馴染みの七瀬美雪、仲の良い剣持警部、ライバルの明智警視らと共に抜群の推理力で難事件を解決していく。
