雪深い奥羽山中の民宿で、熊狩りの名犬リキの子達が生まれた。民宿の子・大輔は、その中に熊犬として珍重される“虎毛”の子を見つける。その子は輝く毛色にちなんで“銀”と名付けられた。銀は狂熊赤カブトを撃たんとする竹田五兵衛によって、生後間もなく母親から引き離され、熊犬に育てるための想像を絶する過酷な訓練を受ける。そして銀は、赤カブト打倒の大義に燃える犬たちに手繰り寄せられるかのように、日本全国の“男”達を求めて旅に出る。狂った大熊赤カブトの打倒なるか！？生命の誕生と死…幼くして巨大な敵に向かう運命を追った熊犬・銀の旅の行き着く果ては…！？
悪王ラビックは倒され、ログレス七カ国に平和がもたらされた。しかし海の向こうでは、ザイキングによって罪もない人々が苦しめられていた。それを知ったキャメロットのアーサー王子は、ザイキングを退治することを決意。無益な争いをさけるため王子の身分を隠して、キャメロットを後にする。手始めにグック船長のもとを尋ねるが、船長はすでにザイキングの手にかかって殺されていた。彼がザイキングから奪い、どこかに隠したという宝のありかを巡って、アーサーは力自慢の大男ボスマン、発明の得意なピートと一緒に旅をすることになる。行く先々で悪事を働く海賊、山賊、魔女を相手に、アーサーは白馬の王子を名乗って正義の剣を振るう。やがて彼の存在を知った北の魔王は、次々と凶悪な刺客を差し向けて命を狙ってくる。北の魔王とは何者なのか。隠された宝は一体どこにあるのだろうか!?
織田信長が天下統一を進める戦乱の時代。南蛮との貿易で繁栄し、自由と活気に溢れた栄の町は会合衆とよばれる実力者たちによって治められていた。その莫大な富と南蛮からの武器を手に入れんと企む甲賀幻妖斎は、金目教という妖しげな宗教によって人々の心を急速につかんでいた。やがて金目教の勢力は栄の町を取り囲むようにして広まってゆく。恐れを抱いた会合衆は飛騨忍者・影一族の頭領に依頼し、幻妖斎の野望を阻止することを決める。頭領は一族の中から優れた能力の持ち主である赤影・青影・白影を選び出し、栄の町に差し向ける。それを知った幻妖斎は、赤影たちを抹殺せんと数々の特殊能力を持つ忍者たちを刺客に放つ。次々と襲いかかる幻妖斎の魔の手に、赤影たちは正義を貫くため、飛騨忍法を駆使して立ち向かう！
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
ラオウとの死闘から5年、ケンシロウの手で取り戻したはずの平和は乱れ、天帝を操る総督ジャコウによって、再び世は混沌に投げ出された。そんな天帝軍に北斗の旗を掲げ、反乱を起こす成長したリンとバットの前にケンシロウが姿を現す！賞金稼ぎのアイン、元斗皇拳継承者ファルコとの対決の中で天帝ルイとリンの出生の秘密が明かされる。修羅の国での北斗琉拳の使い手シャチ・羅将ハン・ケンシロウの実兄ヒョウとの死闘。そして北斗宗家２０００年の深い愛と哀しみを心に刻み付け、悪に身を染めたラオウの実兄・魔人カイオウとの最終決戦！勝利の女神はどちらに微笑むのか……？
