みんな元気ニャ？ハミィはとっても元気ニャ～♪「スイートプリキュア♪」が、遂に映画になるんだニャ～。楽しみニャ！これを読んでいるお友達にだけ、ちょっぴり、映画についてのお話するニャ！ニャ・ニャ・ニャンと！ある日メイジャーランドから、音楽が消えてしまうという大事件が起きるニャ！しかも、音楽を消し去ったのはアフロディテ様だという噂が広がっているニャ。一体どういうことニャ！？そんなことしたら、心の中のメロディも、はじけるリズムも、ドキドキビートも全部なくなってしまうニャ！！そんなの、絶対にだめニャ～！！音楽を取り戻すためには、みんなの力が必要ニャ！みんなの心のハーモニーをプリキュアの心に届けてニャ～！
音楽が溢れる町、加音町。この町で育った北条響と南野奏は小さい頃からいつも一緒だった幼なじみ。けれど、中学生になってからは何故か顔を合わせればケンカばかり…。そんな二人のもとに、音楽の国「メイジャーランド」からやってきた妖精《ハミィ》が現れた！ハミィは、伝説の楽譜に書かれている《幸福のメロディ》を《不幸のメロディ》に変えようと企む悪の王《メフィスト》から世界を守るため、二人にプリキュアに変身して欲しいと頼む。いつもは全く意見が合わない響と奏だが、二人の正義の心が一つになったとき、プリキュアに変身する！
決して逃げない、ぜったい諦めない。自分達の未来だから・・・――故郷であるタラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったニル・ヴァーナの乗員達。彼らは危機を救うため、故郷への旅を急ぐ。途中、回収した脱出ポッドの中には奔放な少女「ミスティ」がコールドスリープしていた。彼女の乗っていたポッドに隠されていたメッセージにより、明らかになる驚くべき地球の現状と刈り取りの事実。そしてニル・ヴァーナの心臓部である青いペークシスとは全く別の、「負の感情」にリンクしている赤いペークシスが地球にあることを知る。戦闘を重ねるごとに攻撃力を上げていく敵の前に、本当の戦いはこれからだったことに気づくヒビキたち。ますます熾烈を極める敵の猛攻に、ヴァンドレッドはいよいよ最終形態へ！？はたして彼らは故郷を救えるのだろうか・・・・・・そして地球人の本当の目的は・・・？
貴方は覚えていますか？思春期のときめきを・・・――タラークの戦艦イカヅチを襲ったマグノ率いるメジェールの海賊船は、暴走したペークシスによってイカヅチの旧艦区と合体・融合させられ、戦艦ニルヴァーナになってしまった。地球の侵攻を知ったヒビキやディータ達は、その危機を知らせるべく、敵対しているハズの男女の呉越同船とも言える母星への帰還の旅が始まる・・・。
世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”（クロノ・ナンバーズ）」ＸＩＩＩ番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、｢自由な生き方｣と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力をもつイヴ、女盗賊リンス達と行動を共にするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。 一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。彼は、「道（タオ）」と呼ばれる特殊戦闘能力を得て、革命集団「星の使徒」を率い世界支配をもくろむ。革命にはトレインの力が必要と更に迫るが、現れられたのは過去に恐れられていた彼ではなかった。その変化に憤るクリードと、大切な人を傷つけられ、怒りに燃えるトレインが激しくぶつかりあう。二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルに展開する。仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに！？
