カードバトルで新章突入！オレが掘ったらすごいぞ！――ミコト姫の冒険からおよそ１０００年後。ドリランドからハンターが姿を消し、タブー視される様になった今の時代、ハンターに憧れる少年ハガン。家に代々伝わるドリルソードを発見したハガンは、次元の扉「真宝門（まほうもん）」を開けてしまい、ドリランドの別のワールドへと訪れてしまう。モンスターがはびこる月天使クララの神殿で、ハガンは現代のハンターと名乗る少女ハルカと運命の出会いを遂げた！
どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？
サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
