世界を滅ぼそうとする凶悪デジモン・アルゴモンの強大なパワーによって、大たち人間が蔦に捕らわれ、永遠の眠りについてしまった！ゴブリモンに襲われていた謎の美少女・リズムを救出したアグモンたちは、彼女とともに大たちを救うため、アルゴモンの城へ向かう。だが、そこにはアルゴモンの手下で強大なデジモン、オーガモンとピスモンが待ち構えていた！パートナーがいない今、アグモンたちに勝機はあるのか！？大たちを、世界を、深い眠りから目覚めさせることはできるのか！？
わたし、相田マナ。おばあちゃんとママが着たウエディングドレスをもらったの。わたしがこのドレスを着るのはいつ？なんてキュンキュンしてたら、謎の男・マシューが現われて、過去の世界に飛ばされちゃったの。そこでは、大好きだったおばあちゃんや昔飼っていた犬のマロにも会えてうれしかったけど、六花とありすがいない！？もしかして、思い出が変わっちゃった！？？このままだと、未来もメチャクチャになっちゃう！大切な思い出も、夢と希望に輝く未来も、私たちが絶対に守ってみせる！！
相田マナは、大貝第一中学校の２年生。先生たちからも信頼される、しっかり者の生徒会長です。社会科見学で訪れたクローバータワーでもケンカを仲裁したり落し物を届けたりバスに酔った友達の看護をしたりと大忙し。やっと展望台へ行く列に並んだその時「ジコチュー！」と叫ぶ巨大な怪物が現れて大混乱！！景色を独り占めしようと暴れる怪物の前に思わず飛び出したマナは、トランプ王国からやってきた妖精シャルルと不思議なアクセサリーの力でキュアハートに変身します！日本中に届け！キュンキュン！！
３度の飯よりケンカが好きな少年・大門大。ある日、大の前に、恐竜のような姿をした奇妙な生物が現れる。その奇妙な生物・アグモンは、異世界であるデジタルワールドからやって来たデジタルモンスターだった！大とアグモンは、ケンカを通じて意気投合。ところが、アグモンはデジモン事件の捜査組織・ＤＡＴＳ（ダット）から追われている、はぐれデジモンだった。追われる大とアグモンの前に、成熟期デジモン・コカトリモンが出現。コカトリモンに一撃を加えた大の拳に、デジソウルが宿る。大のデジソウルを受け取ったアグモンは、ジオグレイモンに進化してコカトリモンを倒す。その様子を見たＤＡＴＳの司令官・薩摩は、大とアグモンをＤＡＴＳにスカウト。かくして、ケンカ番長・大門大は、アグモンと共に人間界に迫る脅威に立ち向かうことになる！
全寮制の聖チャペル学園の生徒も、月に一度は帰宅を許されている。１６歳の誕生日を迎えた生徒・如月ハニーは、父との再会を楽しみに息を弾ませながら家へ向かっていた。しかし彼女は、毒蜂の姿をした女怪人・ミセスビーと覆面の男たちの襲撃を受けてしまう。一味の所属する世界的犯罪組織・パンサークローは、ハニーの父である如月猛博士の発明した「空中元素固定装置」を狙っていた。ミセスビーは猛を連れ去り、ハニーの家は火をかけられて燃え落ちてゆく。泣き崩れる彼女の前に謎の男が現れ、猛のプレゼントだというハート型のチョーカーと指輪を手渡した。巨大な悪に立ち向かい、幸せを取り戻すため、ハニーは涙を拭いて立ち上がる。そして眩く輝くチョーカーと指輪を身につけると、ありったけの想いを込めて叫ぶ。「ハニーフラッシュ！」
デッドムーンとの壮絶な戦いに勝利した月野うさぎたちセーラー戦士は、受験にも打ち勝ち、全員そろって高校１年生の新たな春を迎えた。新たな夢と希望に胸を膨らませて、新生活を満喫するうさぎたち。しかしある日のこと、封印されていたネヘレニアの耳に復讐をささやきかける声が聞こえてきた。新たなパワーを得てよみがえり、セーラー戦士を苦しめるネヘレニア。新たな地球の危機に、セーラーウラヌスたち外部太陽系セーラー戦士が再びセーラームーンのもとに集う。かくしてセーラー10戦士と復讐鬼と化したネヘレニアのラストバトルが開始された。銀河の彼方から、その戦いを見つめる冷ややかな目があることに気づかぬまま…｡
皆既日食によって太陽が姿を隠し、日本中が暗闇に包まれた。ひとときの平穏な日々を送るセーラー戦士たちも、この世紀の天体ショーを心ゆくまで楽しんでいる…。世界に日の光が戻った時、十番街の中心に奇妙な巨大テントが姿を現していた。その正体が何なのか、セーラー戦士たちには知るよしもない。その頃、修行中のちびうさは、夢の中で不思議なペガサスと出会っていた。幼い心を騒がせるちびうさ。ペガサスの出現は、セーラー戦士たちを再び過酷な戦いへと導く運命の前触れなのだろうか？美しい夢を持つ人々を襲い、世界征服を目論む謎のデッドムーンとの関係は？かつてない力を持った最強の敵との戦い。そして徐々に明らかになってゆくシリーズ最大の謎。さらなる進化を遂げたセーラー戦士たちの活躍が始まる！
