神話の時代から現代まで地上に邪悪が迫る時、必ず現れるという希望の闘士、聖闘士（セイント）。彼等は聖衣（クロス）と呼ばれる武具をまとい、地上を司る女神アテナを守り戦った。中でも最下級の青銅聖闘士でありながら幾度となくアテナを救ったペガサスの聖闘士、星矢、そして彼と友情を分かち合った仲間達の闘いは伝説として語り継がれた。時は流れ、かつて星矢によって封印された闘いの神にして火星の守護者・マルスの復活が迫っていた。一方、星矢によって命を救われた少年・光牙は、アテナこと城戸沙織によって育てられ、来る危機に備え聖闘士となる為の修行の日々を送っていた…自らの宿命を知らぬ光牙が己に秘められた力、小宇宙（コスモ）に目覚める時、新たなる聖闘士の伝説が幕を開ける！
少年ツワブキ・ダイヤは父と小型船で海に出て、洋上に燃え上がる黒い炎を目撃した。その中から巨大な怪獣が出現し、父や船員たちは海中へと消えてしまう。ダイヤに迫る危機…その時、巨大な機械の竜が出現し、危機一髪のところで守ってくれた！それから五年、再び地上に巨大な怪獣が現れた時、中学生になったダイヤは巨大な機械竜その名も「大空魔竜」と再会する。大空魔竜の頭が飛び出し、ガイコツを胴体としてスーパーロボット・ガイキングが姿を現した！ダイヤはガイキングのパイロットとなり、巨大な怪獣を撃破するために戦場へと降り立つ。さあ、侵略者・ダリウス大帝の野望を打ち破るのだ！
