愛する者よ、死に候え……「二人手をたずさえて、両家を縛る宿怨の鎖を断ち切ろう」四百年の永きにわたる甲賀と伊賀の宿怨を断ち切り、共に生きることを誓い合う甲賀の弦之介と伊賀の朧。しかし、愛し合う二人は、殺し合う運命にあった……慶長十九年。齢七十三歳の家康は悩んでいた。暗愚の兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か？混乱を極める徳川三代将軍の世継ぎ問題に決着をつけるため、甲賀を国千代派、伊賀を竹千代として忍法の二大宗家を相争わせ、それぞれの精鋭十人対十人の忍法殺戮合戦の結果、どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命を下した。 先代服部半蔵との間に交わされた「不戦の約定」が解かれ、手綱を解かれた猟犬のごとく、怨敵に挑んでゆく忍者達！己の肉体こそが最大の武器！人知を超えた秘術をもった、個性溢るる忍びの面々。老若男女二十人二十色、超人奇人が相乱れ、秘術の限りを尽くして繰り広げられる忍法争いがいま始まる！！凄惨な戦いの果てに、一人、また一人と失われていく仲間達……勝つのは甲賀か、伊賀か？ 果たして、生き残るのは一体誰なのか！？そして弦之介と朧、引き裂かれた二人の愛の行方は……？
「闇の剣客道」、そのＮｏ．１になる者は世界を制するという。その世界で唯一の掟、それはＮｏ．２だけがＮｏ．１と闘うことが許されているということだけである。幼い頃、父を目の前で殺され、その復讐の旅を続けるアフロの剣客「Ｎｏ．２」。狙うは父の仇であり闇の剣客道の頂点に君臨するガンマン「Ｎｏ．１」。そして「Ｎｏ．１」と闘うことの許された唯一の男「Ｎｏ．２」を葬り去るため、音もなく忍び寄る刺客たちの影。果たして「Ｎｏ．２」は悲願を成就できるのか。
復讐の輪廻は断ち切れない。｢闇の剣客道｣、その“一番”となる者は世界を制するという。その世界で唯一の掟、それは“二番”だけが“一番”と闘うことが許されているということだけである。 前作にて、壮絶な闘いの後、父の仇である「闇の剣客道」の頂点に君臨するジャスティスを倒し、復讐を終えた数年後・・・。今まで斬ってきた者たちの魂を供養するために「師範の道場」に立ち戻り、仏像を彫り続け贖罪の日々を送っていたアフロ。しかし、鉢巻を廻る血の宿命は再び彼を流血のサイクルへと向かわせることとなる！死んだはずのかつての兄弟子、仁之助（クマ）、そして謎の女：シヲが、今度はアフロへの復讐を誓い“一番“のハチマキ と “父の遺骨” を奪いに現れる。「お前は個人的な復讐のために多くの命を奪った・・・今度は私たちが復讐する番よ」追う側から追われる側へ、アフロに襲い掛かる闘いの連鎖！復讐の輪廻に呑み込まれていく中、果たして彼は、自分の運命を受け入れ、かつて“復讐”以外すべての感情を捨て闘い続けた、冷血無敵なサムライとして”Ｒｅｓｕｒｒｅｃｔｉｏｎ（復活）”出来るのか？
