２０世紀、島根県・吉田村。秘密基地で遊んでいた地元の小学生・吉田くんと仲間たちのもとに、未来からタイムトラベルで世界連邦捜査局・Ｘ（エックス）捜査課のモレルダー＆ナスカリー捜査官がやってきた。彼らはともに、未来で怪事件を発生させているという「呪いのビデオ」の捜索を始める。しかし、その行く手にはＵＭＡ（未確認生物）、オーパーツ、超常現象など、思わず寄り道したくなる摩訶不思議な出来事が次々に出現！果たして吉田くんたちの大冒険の結末や如何に……？
