3年前、異世界「きさらぎ駅」から奇跡の生還を果たした宮崎明日香（本田望結）。しかし、彼女の外見は20年前のまま――その異質な存在は、世間の冷たい視線と疑念に晒されることとなった。孤独と絶望に沈む明日香の前に現れたのは、ドキュメンタリーディレクターとして名を馳せる角中瞳（奥菜恵）。この運命的な出会いが、明日香の心に新たな決意を芽生えさせる。かつて命を懸けて救ってくれた堤春奈（恒松祐里）、そして異世界に取り残された者たち――彼らを助けるため、明日香は再び「きさらぎ駅」へと足を踏み入れる。果たして、彼女を待ち受けるのは救済か、それともさらなる絶望か。前作を凌駕する衝撃の展開に、あなたは息を呑む――！
大学で民俗学を学ぶ堤春奈（恒松祐里）は、卒業論文で十数年来、ネットで現代版“神隠し”と話題になっている都市伝説「きさらぎ駅」を題材に取り上げることにした。リサーチの結果、「きさらぎ駅」の原点となった書き込みの投稿者『はすみ』ではないかとされる葉山純子（佐藤江梨子）という女性の存在を知る。ようやく純子への連絡先を知り、数ヵ月にわたりメールでやり取りした結果、春奈は遂に純子と会う約束を取り付ける。指定された場所は「きさらぎ駅」の舞台となった路線にある一軒家。春奈を出迎えた純子はどこか影のある雰囲気を持つ女性。部屋へ案内され、早速、ネットで噂される『はすみ』本人との真偽を確かめる春奈に対して、純子はどこか謎めいた笑いを浮かべながらも春奈からの問いかけに静かに頷く。続けて、純子から「きさらぎ駅」へたどり着いた経緯、その後の出来事などを聞いた。その内容は春奈には到底信じられるものではなかったが、純子の話の中で春奈はなぜ純子だけが「きさらぎ駅」へたどり着くことができたヒントに気づく。純子の別れた春奈は自然に「きさらぎ駅」の舞台となった遠州鉄道の駅へ向かう。この選択が春奈の運命を大きく狂わせることになってゆく。
