ある夜、町の下水道に化学廃棄物を流す男たち。その後釣りに出た町の住民が何かに襲われて死亡、食いちぎられた足だけが発見される。事件を重く見た一匹狼の刑事デヴィッド(ジョセフ・ボローニャ)は妻で爬虫類学者のクリスティーン(ディー・ウォーレス＝ストーン)の協力で事件の真相が下水道に潜む巨大ワニの仕業だと判断し、署長に報告するも町では再開発事業を手掛けるブラウン社長（スティーヴ・レイルズバック）が主催するイベントを控えているため相手にされず、逆に拘束されてしまう。その間に巨大ワニは町に出現、住民たちはパニックに陥る･･･。
ある少女が可愛がっていた小さなワニのペットを、部屋に糞をされたと怒った父親がトイレに流してしまう。それから12年―。アメリカ中西部の小さな町で何かに喰いちぎられたような無残なバラバラ死体が地下溝で発見される。市警刑事デヴィッド（ロバート・フォスター）は襲われた被害者がフィルムに残した写真をもとに下水溝に何者かの存在を察知、爬虫類学者のマリサ（ロビン・ライカー）に協力を求める。実は町中を恐怖に陥れているその怪物こそ、かつてマリサが飼っていたワニが恐ろしく成長し巨大化した姿だったのだ――。
