江戸の町で萬屋を営む篝火とお喬。彼女たちは風魔忍者の一族の末裔として、一族の再興を願い、日々町人たちの依頼を請け負い“ド派手に”解決して日々の生活を食いつないでいた。 ある日、友人で“町一番の娘”お蘭が、謎の集団に突然襲われる。彼らは将軍家直属の剣術指南役を務める柳生家であると名乗り、「将軍の命」によってお蘭を連れ去ってしまう。抵抗するも、柳生家の剣術に手も足も出ない篝火とお喬。さらに柳生家は風魔一族を滅亡に追い込んだ張本人だったということが判明し、復讐とお蘭奪還に燃える二人だったが・・・。
民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）。そこで律花は、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。 律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった！！その背後には幕府に復讐を誓うある人物の哀しい過去があって・・・。BLACKFOXの世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる。狐の集団 VS 風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！
