戦国時代、日本にはいくつもの水軍が存在していた。中でも最強と言われた村上水軍は、あの織田信長を撃退し、豊臣秀吉にも組することなく“自由と海”を愛していた。そんな海のサムライたちを束ねたのが、瀬戸内の海賊大将軍・村上武吉だった――。そして現代、その武吉の血を引き、島に住む少女・村上楓。12歳の誕生日に、楓は1本の横笛を自宅の蔵から発見する。それはまさに村上家に代々伝わる村上水軍の埋蔵金を示すものだった。同じ頃、島と本土を結ぶ島民にとっては生命線であったフェリーが老朽化を機に路線廃止の危機へ。楓はフェリーを、島を救おうと、潮流の激しい瀬戸の海へ、仲間と立ち向かう!海賊の血を引く少女が、時空を超えて、伝説の財宝探しが、今、はじまる!
売れない俳優の海野龍助（窪塚俊介）は、ミュージシャンの弟・虎太（RUEED）のいる故郷の横須賀へ数年ぶりに帰ってくる。彼らは、亡くなった父親の手紙を彼の友人マックスに渡そうとロサンゼルスからやって来たハーフの女性ナオミ（AISHA）と出会う。所在不明のマックスを捜す手伝いをする龍助と虎太は、その過程で幼いときに死んだと聞かされていたナオミの母親ヨーコの生存にまつわる情報もつかむ。彼らはマックスとヨーコの足取りを追うが、その前にヤクザや元海軍のアメリカ人らが立ちはだかる。
