西暦20XX年。太陽系を漂う小惑星が月面を撃ち抜き、月に亀裂を生じさせる。亀裂は拡大し、月の一部が破片となって地球へ飛来。さらに潮汐のバランスが崩れ、世界各地で異常気象と津波が猛威をふるう。宇宙研究所ASIは緊急対策を講じ、ビル爆破の専門家ジョンを選抜。彼はスペースシャトル・ペルセウス号に乗り込み、月面の亀裂に核爆弾を仕掛けて崩壊を防ごうとする。限りなく不可能なミッションに挑むジョンたちは、果たして地球滅亡の危機を回避できるのか？
幼い頃、竜巻の被害で両親を亡くしたエイプリルは以来、竜巻の研究に没頭。気象学者として“竜巻女”と揶揄されながらも活躍していた。しかし仕事を優先しすぎた結果、一人娘ダナとの間にできた深い溝に頭を悩ませていた。そんなある日、現在は保安官となった弟ショーンと数十年ぶりに再会を果たしたエイプリルとダナ。しかしシアトルに到着するや、激しい雷雨と暴風が街を襲い、各地で竜巻が発生。回転する積乱雲“スーパーセル”の巨大化により、甚大な被害の想定に警告を発するべく、エイプリルとショーンは調査に繰り出すのだが、その時、ダナが行方不明になったとの連絡が入る。
航空会社を経営する実業家のフォスターは、環境破壊で汚染された大気に関して、日夜熱心に研究を続ける博士。ある日、大気中のメタン濃度が3倍となった今でも有効な手立てがない事象に対し、1億ドルを提供して有人宇宙船“ガリレオ”を打ち上げ、その答えを持ち帰ろうとしていた。しかし機体からの連絡が突如途絶えてしまう。同じ頃、軍事衛星が次々と落下し、世界基地で被害が続発。原因は、太陽の異常活動にあった。大量のCMEと呼ばれるコロナ質量が放出し、オゾン層の穴から大気圏に侵入していて…。
