天師閣の師である酒半壺は妖魔・窮奇を我が身を犠牲にして倒した。世には平和が訪れたが、天師閣は師と多数の弟子を失い、壊滅した。師匠の死を知らない弟子の天放と若霊は妖怪退治をしたり、丹薬を売りながら生計を立て、師匠の帰りを待っている。そんなある日、魂を奪われた多数の死体が見つかるという奇怪な事件が発生。妖怪の仕業だと疑う皇太子は２人が天師閣の生き残りであると知り、２人に妖怪退治を依頼することに…。
こいつらハンパじゃねぇ！未だかつて誰も観たことのない、究極の忍者アクションが誕生する！全人類をコントロールできる、奇跡のワクチンが封じ込まれた「箱」をめぐって、忍者一族が激突！いかなるウィルスにも抵抗できる、奇跡のワクチン。これを１５年間かけて発明した菊地博士が虎大介（魔裟斗）率いる、甲賀忍者衆に殺害された。その命令を下したのは、全人類をコントロールする野望を持つブライアン（レイ・チーホン）。だが、ワクチンは「箱」に封じ込められ、その開け方は博士本人しか知らなかった。だが、青年コピー（ウォン・ジーワー）が、「箱」を開ける「鍵」となる人物であることを知ったブライアンは、虎大介にコピーの生け捕りを命じる。一方、殺された菊地の弟子だった伊賀流女忍者の響（白田久子）も、ワクチンが悪用されないように、博士の遺言どおりコピーの殺害をもくろむ。さらに、隠居生活を送る、伝説の伊賀流忍者、芭蕉（エディー・コー）は、コピーを助けるよう、愛弟子の女忍者シウリン（ホアン・シェンイー）に使命を与える。全人類の運命を握る「箱」とコピーを巡り、３人の若き忍者たちの闘いがはじまる。
