西暦20XX年。太陽系を漂う小惑星が月面を撃ち抜き、月に亀裂を生じさせる。亀裂は拡大し、月の一部が破片となって地球へ飛来。さらに潮汐のバランスが崩れ、世界各地で異常気象と津波が猛威をふるう。宇宙研究所ASIは緊急対策を講じ、ビル爆破の専門家ジョンを選抜。彼はスペースシャトル・ペルセウス号に乗り込み、月面の亀裂に核爆弾を仕掛けて崩壊を防ごうとする。限りなく不可能なミッションに挑むジョンたちは、果たして地球滅亡の危機を回避できるのか？
世界各地で頻発する地震や異常な火山活動。マントル層の異変を察知した地質学者のジェイクは、かつて自身も関わっていた地球深部での大規模な掘削作業、“DEEP計画”の影響で太平洋プレートに亀裂が生じていることに気づく。ジェイクは、旧友のパーマーやカレンと共に破滅を回避するただ1つの方法を発見する。それは最新鋭の地底掘削マシンで地下40キロのマントル層に突入、核爆発の高熱でプレートの亀裂を“溶接”することだった。一方、地上ではこの未曾有の危機を公表すべきか否かで議論が巻き起こり、人類の存亡をかけた決断の時が迫っていた。
