関ヶ原の戦いより数年後、ようやく戦乱が忘れられようとする時代――徳川家康の側近である天海僧正は、幕府存続の為に強大な奴隷忍者軍団を形成し、関東一円を支配しようとしていた。一方、関ヶ原の戦いでは豊臣方に付き、逃走した忍びの集団が山奥に独自の村を築いていたが、その一つが疫病に悩まされており、その調査の為にくノ一たちを差し向ける……。くノ一のひとりである彩芽（あやめ）は、仲間であるサツキ、楓（かえで）と共に疫病の村に赴くが、そこで天海の手下である奴隷忍者軍団＜邪門衆＞と遭遇、彩芽は血を弾丸のように発射する忍法で撃退するが、それはくノ一ＶＳ邪門衆という戦いの火種となってしまった……。
突然、放射性物質となってしまった福島さんは多くの人から差別を受けていた。ある日、妊娠をした妹がやってくる。福島さんの姪ということで、生まれてくる子供も差別されるのではと恐れていた。一方、エネルギー関係者、永田町関係者、マスコミ関係者はサッカーに興じながら、福島さんに放射能の責任を押し付けようとする会議をしていた。様々な人々の思惑や不安の中、追いつめられた福島さんはある決断をする。
