ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女アスナは、地下世界アガルタから来たという少年シュンに出会う。2人は心を通わせるも、少年は突然姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」そう願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を切望しアガルタを探す教師モリサキが現れる。そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る―。
靴職人を目指す高校生タカオは、雨の朝は決まって学校をさぼり、日本庭園で靴のスケッチを描いていた。ある日タカオは、一人缶ビールを飲む謎めいた年上の女性ユキノと出会う。ふたりは雨の日だけの逢瀬を重ねて、次第に心を通わせていく。居場所を見失ってしまったというユキノに、彼女がもっと歩きたくなるような靴を作りたいと願うタカオ。六月の空のように物憂げに揺れ動く、互いの思いをよそに梅雨は明けようとしていた。
春の高校バレー宮城県予選、決勝戦――。準決勝で青葉城西を下した烏野が、春高出場を懸けた一戦に挑む。対するは超高校級エース・牛島若利を擁する絶対王者、白鳥沢。烏野は試合序盤から牛島の強烈なスパイクに翻弄され、攻勢に転じようにも天童の鋭いブロックに阻まれてしまう。これは超えられない壁なのか？反撃のカギを握るのは、ブロックの要・月島。その冷静かつ執拗なディフェンスで、日向、影山も勢いを増していくが……。
春高予選に向けて動き出した烏野高校排球部は、強化の一環として関東強豪チームとの合同合宿に参加する。変化を求め進化した烏野一同は、迎えた春高予選で準決勝へと駒を進める。対戦相手は、インターハイ予選で敗北を喫した青葉城西高校。序盤から猛攻をしかける烏野だったが、徐々に精度を上げる及川のサーブと秘密兵器・京谷の強烈なスパイクによって、流れは青城に傾いていく
古豪・烏野高校排球部が新チームとして再生していく姿を、迫真のドラマとバレーアクションで描いた前編『ハイキュー！！終わりと始まり』。続く本作では、新生・烏野が全国大会出場を目指し、宮城県インターハイ予選に挑む。立ちはだかるは、県ベスト４の強豪・青葉城西高校！それを率いるのは、中学時代の影山の先輩にして、県Ｎｏ．１セッターとの呼び声高い及川徹。圧倒的な経験とチーム力を見せつける青城を前に、カラスたちは羽ばたけるのか－！？
ふとしたきっかけでバレーボールに魅せられた少年、日向翔陽。中学３年になった日向は、部員がいない逆風にも負けず、やっとの思いでメンバーを集め、最初で最後の公式戦に出場。しかし「コート上の王様」と異名を取る天才プレーヤー・影山飛雄に惨敗する。リベンジを誓う日向は憧れの烏野高校に入学するも、そこで影山と再会してしまう。はなから衝突の絶えない日向と影山だったが・・・。
カルラと名乗る時間犯罪者に襲われた光四郎と玲菜。カルラを追い詰めた玲菜の目の前で、時空特捜サリーがカルラを逮捕し・・・。サリーの正体は玲菜の親友さりあだった。しかし、さりあは玲菜を知らないと言い、光四郎に襲い掛かる・・・。
２２世紀からやって来た時空刑事・オリオンとレナリーが事務所を構える探偵事務所に、ある日、兄を探してほしいとひとりの女がやって来る。２人は早速捜査を開始するが、突如カルラと名乗る謎の女に襲われる。その正体は２２世紀のバイオテクノロジーで自らを改造した時間犯罪者だった・・・。
折尾光四郎は助手の冬木玲菜と共にヨコハマの片隅で事務所を構える、自称“名探偵”。彼らの正体は、２２世紀から時を越えてやって来た時空刑事オリオンとレナリーだった。ある日、「兄を探して欲しい」という美女が折尾探偵事務所を訪れた。２人は早速捜査を開始するが、突如カルラと名乗る謎の女に襲われる。
