西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者（さにわ）は、かつての刀剣を目覚めさせた。歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士”という。天正十年六月二日京・本能寺。明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変”に、歴史改変の魔の手が迫っていたー。
タロットを使っては、浮気調査や子犬捜しに明け暮れているタロット探偵ことボブ西田（高山猛久）。うっかり酔いつぶれてしまった彼が目覚めると、そこには会ったことのないミステリアスな美女（川村ゆきえ）と謎の赤い液体が。自分の陥った状況を自慢のタロットを駆使して調査するボブ西田と仲間たちだったが、いつしか大事件の渦中にのみ込まれていたことを悟る。絶体絶命の状況から抜け出し、事態の真相や美女と液体の正体に近づこうとするが－。
