大学生のレイ・アンナ・タイラ・ハル・エイスケの５人は、それぞれの夢を追いかけながら学生生活を送っていた。しかし彼らには宇宙からの侵略者であるレプタリアンたちと戦うもう一つの顔があった。あるとき、邪悪な宇宙人ダハールの罠に落ち、消息を絶ったタイラを探し出すため、レイは３億３千万年前の地球へとタイムジャンプする。その時代、新たな文明の創造を計画していた地球神アルファは、ゼータ星の女帝ザムザが率いるレプタリアンを地球に招き入れていた。そこに現れたダハールの狙いとは何か。レイとタイラの運命は！？そして“地球神の文明計画”とは―。
「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 巻島裕介」春、総北高校に入学した巻島裕介。これまでたった一人で走ってきた彼は総北の自転車競技部に入部することで、自らの自由な走りで周囲から認められ、広い世界に羽ばたくことが出来る、と胸を躍らせていた。しかし、彼の独特なダンシング走法は、部の先輩たちから嘲笑され、走り方を直すように言われてしまう。「自転車は自由だ」と信じていた巻島は…。「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 東堂尽八」オシャレであることがモットーの中学二年生・東堂尽八は、箱根の街に生まれ育った、老舗温泉旅館の嫡男。ある日、ロードバイクに乗る友人・糸川修作から自転車レースに誘われるも、ヘルメットで髪が乱れる理由から拒否。しかし試しに２人で競うように箱根の山を走ってみると、東堂の心の中にひとつの衝動が生まれ―。「弱虫ペダル スペアバイク それいけアラキタくん」箱根学園１年生ヤンキー、荒北靖友は今日も授業をサボり、校舎裏へ。そこで出会ったのは…。
ナスカ学園高校２年生のクラスメート５人組は、文化祭で発表する研究テーマに取り組んでいた。そんなある日、奇妙な事件に巻き込まれる。その事件の背後には「宇宙人」が関係しているらしく、しだいに、とてつもない「秘密」が明らかになってゆく…。超最先端リアル宇宙人情報満載の人類未確認エンターテイメント！
総北高校入学を機に自転車ロードレースと出会い、その世界に足を踏み入れたオタク少年・小野田坂道。今泉俊輔や鳴子章吉らチームメイトとしのぎを削り成長した彼は、総北自転車競技部の全国大会＜インターハイ＞メンバーに選ばれる。栄光を求める全国の強豪が一堂に揃う、過酷なレースがスタートを切った。己の誇りのために走る者。ライバルを超えるために走る者。“勝利”だけを欲しすべてを削って走る者。過去の復讐に燃える者。そしてチームのために想いを積んで走る者―。インターハイ総合優勝のゴールラインに最初にたどり着くのは、果たしてどの選手、どのチームか―。
アニメやフィギュアが大好きなオタク少年・小野田坂道は、入学した総北高校で、中学時代に自転車ロードレースで名を馳せた今泉俊輔と鳴子章吉と出会う。坂道は、小さな頃から自転車で毎週往復９０ｋｍの秋葉原通いで知らずのうちに鍛えられた自転車の才能、高回転＜ハイケイデンス＞なペダリングを彼らに見出され、自転車競技部の門を叩く。今泉や鳴子、そして金城、巻島、田所ら実力派の先輩たちとの練習でどんどん才能を伸ばしていった坂道は、意外性の力を見込まれ全国大会＜インターハイ＞のメンバーに”クライマー”として選出される。”全員がエース”という最強チーム、王者・箱根学園や、今泉が激しく敵対視する”怪物”御堂筋を擁する京都伏見高校など、全国の強豪校が揃う、３日間に及ぶ過酷な戦い。チーム全員の想いが詰まったユニフォームジャージを真っ先にゴールに届けるため、チーム総北は力の限りペダルを回し、疾走する！
