双子の姉妹アレックスとレイナの母が何者かに殺害された。しかし妹のレイナは葬式にも出席せず、塞ぎ込んでいた。アルコール依存症の彼女は自分が外出して酒を飲んでいた時に母が殺されたことで、自責の念に駆られていたのだ。一方で、ファッションデザイナーのアレックスは、夫デイビッドと共に裕福な生活を過ごしていた。そのためか姉妹の仲はギクシャクして久しかった。ある夜、レイナはデイビッドを射殺して大金を奪ったが、翌朝目覚めた彼女にそのような記憶はなかった。間もなくして警察はレイナを逮捕。恋人のジョーイが保釈金を払って釈放されたものの、決してレイナの無実が証明されたわけではなく…。
ある日、母親の拘束から逃げるかのように家を飛び出したライリー。残してきた病弱な妹ベスは、母親の支配下で病院にも行けず、病状は悪化するばかりだった。それから3年が経過し、2人の前にライリーが戻ってきた。久しぶりの我が子の帰宅にも関わらず、母親は警戒心をむき出しに対応。ライリーが帰省したのは、ベイカリーを開き、それを後押ししてくれた看護師エイデンとの婚約を報告、彼を紹介したいからだった。母親は祝福するも、相変わらず「ベスを病院に連れて行ったら」というライリーの話には全く耳を傾けなかった。だが、ベスの髪がごっそり抜けるのを見たライリーは、不安を隠しきれずエイデンに相談する。しかしそれを母親は盗み聞ぎしていて…。
メキシコ・バハ半島沖コラゾン島。この大自然が体感できる島で、カップルの関係修復を目的としたキャンプセラピーが行われていた。しかし、険悪ムードの参加者たちに、インストラクターのウィルは手を焼いていた。そんな中、連絡が途絶えていたスタッフのブラッドが、海で死体となって発見される。鮫の仕業と思われたが、無残な死体は何匹かに喰いちぎられた様だった。そして、恐怖に震える彼らの前に現れたのは、なんと頭が６つある鮫。あまりの衝撃に目を疑うが、この島では冷戦下に極秘の動物実験が行われていたという噂があった。彼らは急いで島へと避難するが、その怪物の前では陸地でさえも安心できる場所ではなかった―。
幾度ものシャークネードとの戦いで、全てを失ったフィン。悲しみに暮れる彼の前に現れたのは、未来からやって来た息子ギルだった。フィンは平和な時を取り戻すために、ギルの手配で時間旅行へと旅立つ。彼に与えられた使命は、過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅すること。原始時代に到着したフィンは、元祖シャークネード１号と対峙するが、凶暴な恐竜にも襲われ苦戦を強いられる。絶体絶命の窮地の中で現れたのは、死んだはずのノヴァとブライアン。彼らもまたギルに救われ、再びシャークネードと戦っていたのだ。彼らは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだ始まったばかりだった―。
プエルトルコのパロミノス島。青い海と輝く太陽に恵まれたこの島は、絶えず観光客で溢れていた。平和な日々が続く中、突如地元警察に人間が鮫に襲われたという通報が入る。スターリング警部が現場に駆け付けると、誰も乗っていないクルーザーには、血痕とカメラだけが残されていた。そして、カメラに残された写真を見ると、そこには頭が４つある鮫が写っていた。スターリングは海洋学者のヨーに協力を仰ぎ、研究意欲を掻き立てられたヨーは元同僚のレッドと鮫を捕まえるために海へと向かう。しかし、その恐ろしさは彼女たちの想像を遥かに超えていた―。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
