イナズマジャパンと新生イナズマジャパンのエキシビジョンへＬＢＸの集団が襲撃。スタジアムを破壊する彼らを追いかけてきたのはバンたちＬＢＸプレイヤーだった。決して出会うことのない二つの世界が交差するとき、サッカーｖｓＬＢＸのかつてない激闘が幕を開ける。
サッカー管理組織・フィフスセクターから自分達のサッカーを取り戻すべく闘い続ける天馬たち。彼らがフィフスセクターに連れてこられた謎の島は強力な化身を使いこなすプレイヤー「シード」を生み出す訓練施設がある『ゴッドエデン』だった！強制的に白竜率いるシードのチームとの試合が開始されるが圧倒的強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。超絶化身バトルの中で、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”は勝利を掴めるのか！？
雷門中サッカー部は、フットボールフロンティア決勝戦に進出。だが世宇子中との決勝戦に挑む雷門中の前に現れたのは、世宇子ではなく「王牙（オーガ）学園」と名乗る、未来から送りこまれた戦闘集団だった！彼等は、「平和過ぎる時代」を作り出す原因となった雷門中の優勝という歴史を塗り変えようと未来からやってきたのだ。時空を超えた超次元サッカーバトルの火蓋が切って落とされる！
