戦国時代、日本にはいくつもの水軍が存在していた。中でも最強と言われた村上水軍は、あの織田信長を撃退し、豊臣秀吉にも組することなく“自由と海”を愛していた。そんな海のサムライたちを束ねたのが、瀬戸内の海賊大将軍・村上武吉だった――。そして現代、その武吉の血を引き、島に住む少女・村上楓。12歳の誕生日に、楓は1本の横笛を自宅の蔵から発見する。それはまさに村上家に代々伝わる村上水軍の埋蔵金を示すものだった。同じ頃、島と本土を結ぶ島民にとっては生命線であったフェリーが老朽化を機に路線廃止の危機へ。楓はフェリーを、島を救おうと、潮流の激しい瀬戸の海へ、仲間と立ち向かう!海賊の血を引く少女が、時空を超えて、伝説の財宝探しが、今、はじまる!
主人公の高宮利一は、東京での過酷な仕事を辞め、故郷の新潟で長距離深夜バスの運転士として働く中年の男。ある夜、利一がいつもの東京発─新潟行のバスを発車させようとしたその時、滑り込むように乗車してきたのが、十六年前に離婚した妻・美雪だった。突然の、思いがけない再会。
