幾度ものシャークネードとの戦いで、全てを失ったフィン。悲しみに暮れる彼の前に現れたのは、未来からやって来た息子ギルだった。フィンは平和な時を取り戻すために、ギルの手配で時間旅行へと旅立つ。彼に与えられた使命は、過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅すること。原始時代に到着したフィンは、元祖シャークネード１号と対峙するが、凶暴な恐竜にも襲われ苦戦を強いられる。絶体絶命の窮地の中で現れたのは、死んだはずのノヴァとブライアン。彼らもまたギルに救われ、再びシャークネードと戦っていたのだ。彼らは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだ始まったばかりだった―。
北米大陸一のコカイン密売人として君臨するサニー”サンダウン”ガルシア。サンダウンに復讐心を燃やす謎の男、ジョン・ドゥは、自身が強いられた苦しみをサンダウンにも味わわせるため、６人の刺客に、サンダウンから６つのものを順に奪っていくよう依頼する―― 自由、財産、名声、忠誠心、愛する人、そして最後に命。サンダウンが築き上げてきた王国はたちどころに崩壊していくが、事態が進むにつれ刺客たちは自分たちがさらに大きな罠に嵌ってしまっているのではと感じ始める。サンダウンとは本当は何者なのか？そして、果たしてジョン・ドゥの真の目的とは？
