初夏のある日、警察署に90歳を超えた一人の老人が甥っ子の刑事宛に訪れ、「人を殺した」と告白。老人は、太平洋戦争末期の特殊施設の話を始める。そこは、原爆開発を手掛ける博士や戦況を100%予知する男がいる、特殊機密施設。海軍の将校・蓬が、ハワイ生まれの日系人である米国の諜報員・津田を二重スパイとして雇い、施設に連れてくる。蓬は、ソ連に仲介してもらい、和平交渉を進めようと、日系ソ連人のソ連大使と陸軍将校の森本を施設に招こうと画策。方や米国は、津田の存在を怪しみ、同じく日系ハワイ人の田中を送り込む。
いつもガキ大将のデブナガ（鈴木吉和）にいじめられているブルース（河合美智子）、ジョジョ（永瀬正敏）、辞書（坂上忍）の３人の中学生。デブナガに仕返しをしようとした矢先、目の前でデブナガが暴力団風の男たちに誘拐されてしまう。このままでは納まらない３人はデブナガを奪還しようと決める。そして、誘拐事件を起こした組員の山と政を連れ戻すように組から命じられていた中年のヤクザの厳兵（藤竜也）と出会う。途中からアラレ先生（原日出子）を巻き込んで、暴力団の抗争に巻き込まれながら、３人のデブナガ奪還作戦は成功するのだろうか・・・
