ある日、審神者が突然倒れてしまった。心配する刀剣男士たちをよそに、一向に目を覚ますようすがない審神者。一方、審神者が倒れたことで時空転移装置が動かなくなり、遠征に出ていた三部隊が帰還できなくなってしまった。そのころとある本丸では、審神者が倒れたのはどうやら別の時代に出陣していた部隊が持ち帰った玉鋼がきっかけであることを突き止める。しかしどうすれば審神者が意識を取り戻すのかは不明なまま…。刀剣男士たちが困惑する中、この本丸の始まりの一振である加州清光は、クダギツネのこんのすけに審神者を目覚めさせるには“夢”の世界で審神者の心を解放しなければいけないと聞く。そして加州清光は相棒である大和守安定と二振で、未知の世界へと出陣する。
とある本丸に夏がやってきた。新たな刀剣男士も増え、さらににぎやかな日々を送っていた彼らに、審神者から伝令が言い渡される。それはなんと“３日間の休暇”だった！審神者の粋なはからいに喜ぶ刀剣男士たちは、お返しに休暇を過ごすみんなの姿を集めたアルバムを作ることに。一方、大和守安定は修行で不在の加州清光のためにもアルバムを作ろうと考え、できるだけ多くの仲間たちの姿を写真に収めるため、みんなの休暇を見て回ることにした。花見酒ならぬ樹木見酒を満喫したり、木々を使っていろんなものを創作したりと、山ならではの楽しみを満喫する刀剣男士たち。そんな様子を、写真に収めていた大和守安定は、髭切から一緒に鬼退治をやらないかと誘われる。はじめての夏休み、忘れられない光景が心に刻まれてゆく―
本丸が真っ白な雪で覆われる頃、刀剣男士の大和守安定と加州清光は思い出話をしていた。それは、自身が名刀・山姥切の本歌であるという“山姥切長義”が自分たちの本丸へ配属されてきたときのこと。自身の写しである山姥切国広に対して挑発的な態度を取る山姥切長義と、彼に複雑な思いを抱く山姥切国広。そんな二振の気持ちを汲み取り仲間を支える加州清光に心の強さを見た大和守安定は、彼にある提案をする。一方、本丸に突然入電がくる。告げられた特命は“歴史を改変されたまま、放棄されている世界”を調査しろというもの。刀剣男士たちは、歴史が改変されているという土佐へと向かう。そこには、陸奥守吉行が知る土佐とは全く別の街並みが広がっていた。彼らは先行して調査していた肥前忠広・南海太郎朝尊と合流し、歴史を改変した首謀者を討つため奔走する。
時は戦国時代。17代伊達政宗は初陣に際し梁川八幡神社に必勝祈願。すると龍が現れ、“冥龍眼”と16個の宝玉を手に入れる。しかし、謎の忍び集団からの奇襲を受ける。絶体絶命と思った瞬間“冥龍眼”の力が解印し、突如謎の男が現れる。その男は“必殺技！ご先祖合体”を繰り出す。“冥龍眼”は伊達家の歴代当主16人を現世に復活させ、彼等と政宗を合体させる事で圧倒的な力を生み出すという神宝であった。眼下の下に“冥龍眼”を仕込み、伊達の未来の為襲い掛かる敵と戦う政宗とご先祖の活躍を描く戦国青春グラフティ！
鎌倉時代、1200年代前半。貧しい農家に生まれながらも賢く利発な平次郎は、ある日、親鸞聖人と出会い、多くを学び成長していく。やがて京に戻った親鸞聖人を追って故郷を離れた平次郎は、「唯円」という名を授かり、仲間たちとともに親鸞聖人のもとで仏教を学ぶ。そんな中、かつての友人が苦境に立たされていると知った唯円は、なにもできない自分への無力感にとらわれ苦悩する。なぜ、善人よりも悪人が救われるのか？人は、なぜ生きるのか？「すべての人間が悪人であり、救われるために条件はない」という親鸞聖人の言葉の真意が、解き明かされていく――。
池田屋への再出陣を経て、大和守安定が修行へ旅立った“とある本丸”。その直後、安定へ思いを馳せる加州清光は、部屋に残された手紙を発見する－。
古豪・烏野高校排球部が新チームとして再生していく姿を、迫真のドラマとバレーアクションで描いた前編『ハイキュー！！終わりと始まり』。続く本作では、新生・烏野が全国大会出場を目指し、宮城県インターハイ予選に挑む。立ちはだかるは、県ベスト４の強豪・青葉城西高校！それを率いるのは、中学時代の影山の先輩にして、県Ｎｏ．１セッターとの呼び声高い及川徹。圧倒的な経験とチーム力を見せつける青城を前に、カラスたちは羽ばたけるのか－！？
