京都豊島区にある木造アパート「トキワ荘」。そこには“漫画の神様”手塚治虫（北村想）が住み、日夜、編集者たちが彼のもとに通いつめていた。向かいの部屋に住む寺田ヒロオ（本木雅弘）は、その様子を眺めながら、こつこつと出版社への持ち込みを続けていた。やがてトキワ荘を去った手塚治虫と入れ替わるように、若き漫画家の卵たちが次々に入居してくる。藤本弘／藤子・F・不二雄（阿部サダヲ）、安孫子素雄／藤子不二雄Ⓐ（鈴木卓爾）、石森章太郎（さとうこうじ）、赤塚不二夫（大森嘉之）、森安直哉（古田新太）、鈴木伸一（生瀬勝久）。また近所に住むつのだじろう（翁華栄）もトキワ荘に入り浸っていた。揃って『漫画少年』の投稿仲間だった彼らは、寺田を中心に“新漫画党”を結成。貧しい生活のなか、互いを励ましあい、漫画の未来について熱く語り合う日々が続く。なかでも一番年上の寺田は兄貴分的存在として若き彼らを静かに見守り、その視線は、赤塚の友人であり自分とはまったく異なる作風のつげ義春（土屋良太）にも向けられていた。そんなある日、『漫画少年』の出版社、学童社が突如倒産。これを機に、８人の仲間たちの進む道も少しずつ変化していく。どんどん売れっ子になっていく者。漫画からアニメーションへの移行を決意する者。なかには東京を去る者もいた。流行に惑わされず、黙々と自分の描きたい漫画だけを追い求めているように見えた寺田の心にも、徐々に迷いが生まれてくる。時代の激しい変化とともに、漫画家の卵たちの青春の日々にも、ゆっくりと終わりの気配が近づいていた――。
太平洋戦争末期、戦況が困難を極める１９４５年７月。連合国は日本にポツダム宣言受諾を要求。降伏か、本土決戦か―――。連日連夜、閣議が開かれるが議論は紛糾、結論は出ない。そうするうちに広島、長崎には原爆が投下され、事態はますます悪化する。“一億玉砕論”が渦巻く中、決断に苦悩する阿南惟幾（あなみ これちか）陸軍大臣（役所広司）、国民を案ずる天皇陛下（本木雅弘）、聖断を拝し閣議を動かしてゆく鈴木貫太郎首相（山崎努）、首相を献身的に支え続ける迫水久常書記官（堤真一）。一方、終戦に反対する畑中健二少佐（松坂桃李）ら青年将校たちはクーデターを計画、日本の降伏と国民に伝える玉音放送を中止すべく、皇居やラジオ局への占領へと動き始める・・・。
