春の高校バレー宮城県予選、決勝戦――。準決勝で青葉城西を下した烏野が、春高出場を懸けた一戦に挑む。対するは超高校級エース・牛島若利を擁する絶対王者、白鳥沢。烏野は試合序盤から牛島の強烈なスパイクに翻弄され、攻勢に転じようにも天童の鋭いブロックに阻まれてしまう。これは超えられない壁なのか？反撃のカギを握るのは、ブロックの要・月島。その冷静かつ執拗なディフェンスで、日向、影山も勢いを増していくが……。
春高予選に向けて動き出した烏野高校排球部は、強化の一環として関東強豪チームとの合同合宿に参加する。変化を求め進化した烏野一同は、迎えた春高予選で準決勝へと駒を進める。対戦相手は、インターハイ予選で敗北を喫した青葉城西高校。序盤から猛攻をしかける烏野だったが、徐々に精度を上げる及川のサーブと秘密兵器・京谷の強烈なスパイクによって、流れは青城に傾いていく
地球に優しい世界征服を企む秘密結社・鷹の爪団。戦闘主任の吉田くんの実家・島根でおみくじをひいたが全員「凶」で頭を抱える団員たち。一方、地球から遠く離れた機械生命体の惑星ゴゴゴは悪のネマール帝国に侵攻されていた。命からがら脱出したのはさえない中年男オキテマス・スマイルと娘のヨルニー。彼らの手に握られているのは伝説の救世主の居場所だった。予言に語られるその救世主は「青く輝く星に住む一人の尖がった耳の男」。そう、彼らが向かった先は、鷹の爪団の秘密基地だった…。
古豪・烏野高校排球部が新チームとして再生していく姿を、迫真のドラマとバレーアクションで描いた前編『ハイキュー！！終わりと始まり』。続く本作では、新生・烏野が全国大会出場を目指し、宮城県インターハイ予選に挑む。立ちはだかるは、県ベスト４の強豪・青葉城西高校！それを率いるのは、中学時代の影山の先輩にして、県Ｎｏ．１セッターとの呼び声高い及川徹。圧倒的な経験とチーム力を見せつける青城を前に、カラスたちは羽ばたけるのか－！？
ふとしたきっかけでバレーボールに魅せられた少年、日向翔陽。中学３年になった日向は、部員がいない逆風にも負けず、やっとの思いでメンバーを集め、最初で最後の公式戦に出場。しかし「コート上の王様」と異名を取る天才プレーヤー・影山飛雄に惨敗する。リベンジを誓う日向は憧れの烏野高校に入学するも、そこで影山と再会してしまう。はなから衝突の絶えない日向と影山だったが・・・。
