アイスランドで700年の沈黙を破り休火山が噴火し、調査隊が全員死亡する事態が発生した。すると続けざまに中米、地中海、太平洋岸でも休火山が活動を開始。大学で教壇に立つシェパード博士は、提唱する“エクソダス理論”が現実のものになると確信。それは地球のコアにかかった異常な負荷により、地球上にある1500もの休火山が一斉に噴火するという仮説だった。しかしシェパード博士の警告を政府は聞き入れず、事態は加速度的に悪化。日本の富士山をはじめ、次々と大噴火を起こした世界は、パニック状態に陥ってしまう。そんな時、シェパード博士が最後の計画を立案。それは、海溝に核弾頭を撃ち込み、マグマのエネルギーを解放するというものだった。
アメリカの田舎町。川沿いにある家族経営のレストラン“ワニ小屋”は、地元住民や観光客で大繁盛。そんなある朝、迷惑常連客の変死体がレストランの川縁から発見された。保安官は、レストランが管理していたワニが逃げ出し男は襲われたと見て、ボウチャード一家の兄ジェイソンを殺人容疑にかけることに。しかし店を切り盛りする妹のレイチェルは、前夜に目撃した巨大なサメの背びれを思い出し、男はサメに喰い殺されたと確信。兄の疑惑を晴らすべくサメの行方を追うレイチェルだったが、男子大学生の誘いに乗った妹のクリスタルが、ワニ祭りの近くの川へ行ったことを知り、危機感を覚える。
とある夜、ホルター石油会社が採掘を行う第3現場で、青い炎が浮き上がる謎の遺物が発見される。先住民の物だと考えられ、作業員の1人が責任者のスタークに連絡するも、一刻も早く採掘を成し遂げたい彼によって爆破するよう命じられる。しかし大量の爆薬をもってしても、遺物を破壊することは不可能だった。するとその時、遺物を包む青い炎が消え、謎の獣が出現し、作業員たちを次々と襲い、瞬く間に惨殺してしまった。一方その頃、土地買収を強引に進めていたスタークの弁護士マリアが町に到着する。彼女はこの町の保安官の娘で、仕事のため3年ぶりに故郷へ戻ってきたのだが…。
小規模な地震が相次ぐルイジアナ州。家族で経営する観光ガイドの仕事すら満足にこなせず、酒と女に溺れるダメ男のポールは、父の命令でバスツアーの運転手兼ガイドとして、数名の乗客を迎い入れバスを走らせていた。そんな道中、道路にできた大きな地割れを発見。様子を見るためバスを降りる一行だったが、バイオガスの臭いが充満するなか、手のひらサイズの目のない白いクモが複数いることを確認。生物の教師だという乗客によれば、地底生活で目が退化した新種のクモとのことだった。その直後、無数の巨大グモが至るところから出現し、街を混乱の渦に巻き込んでいく。
世界最高の技術を誇るホルター石油会社の海洋原油掘削装置リグが、大爆発を起こした。その頃、学生たちを連れてマイアミの湿地帯を訪れた地質学者アントワネットは、周囲の異変に気づく。湯だって死んでいるワニ、二酸化硫黄の匂い…。原因はホルター社のリグが溶岩の流れる場所を掘り起こしてしまったものだったが、違法掘削事業が公になるのを恐れる同社は、そのまま内密に事を進めていく。しかし、そのせいで大量のマグマが地中の溶岩トンネルを通過。マイアミ沿岸へ到達したことから、超高温の蒸気が津波のように発生し、100人以上の死者が出る事態に。一方、自分の研究がホルター社に盗用されていると睨んだアントワネットは、独自の調査を開始する。
