自身が率いる部隊を全滅させかけてしまった山姥切国広は、自らの申し出により近侍を辞すことに。主である審神者より新たな近侍へと任命されたへし切長谷部。ただへし切長谷部はそのことに納得できずにいる。審神者より出陣を命じられたへし切長谷部は山姥切国広を部隊に加えてもらうよう懇願し、鶴丸国永、燭台切光忠、同田貫正国、大倶利伽羅らとともに「備中高松城の戦い」へと出陣する。黒田官兵衛を擁する羽柴秀吉らは備中高松城へ水攻めを行おうと堤防を築いている。時同じくして、本能寺では明智軍が信長の首を探している―。廻り逢い、交差する物語の中で、果たして彼らは答えを見つけ出すことができるのか。これは受け継がれ、繰り返される、近侍の物語―。
ある日、審神者が突然倒れてしまった。心配する刀剣男士たちをよそに、一向に目を覚ますようすがない審神者。一方、審神者が倒れたことで時空転移装置が動かなくなり、遠征に出ていた三部隊が帰還できなくなってしまった。そのころとある本丸では、審神者が倒れたのはどうやら別の時代に出陣していた部隊が持ち帰った玉鋼がきっかけであることを突き止める。しかしどうすれば審神者が意識を取り戻すのかは不明なまま…。刀剣男士たちが困惑する中、この本丸の始まりの一振である加州清光は、クダギツネのこんのすけに審神者を目覚めさせるには“夢”の世界で審神者の心を解放しなければいけないと聞く。そして加州清光は相棒である大和守安定と二振で、未知の世界へと出陣する。
“未曾有の大災厄”により世界中が混迷を極める現代。東京で新聞奨学生として暮らす青年・スズシロウは、誰にも言えない秘密を抱えていた。高校三年の夏に起こったある事件をきっかけとして、自分の意志とは無関係に周囲の時間を止められるようになってしまったのだ。そんなある日、スズシロウは初めてその秘密を分かち合える相手と出会う。自分と同じく、心に傷を負い、時間が止められるようになってしまった少女・なずな。彼女が異母兄の芹によって犯罪に利用されていることを知ったスズシロウは、衝動的に手を差し伸べる。「……君、ここから一緒に逃げよう!」止まってしまった時間を、２人は再び動かすことができるのか。
小野寺学園の理事長兼生徒を務める真琴。「淫戯をつくして真琴をおとし、嫁にした者を次期校長にする」という先代理事長の遺言により学園中から狙われていたこともあったが、ボディーガード兼恋人の金太狼の活躍により平穏な毎日を取り戻していた。そんなある日、教諭生徒ともに問題児ぞろいの小野寺分校・川加羅分校からの刺客が送り込まれる！真琴への辱め、金太狼への誘惑、恐ろしい罠の数々…真琴と金太狼はおのれの恥技で彼らに打ち勝つことができるのか！？そして敵の本当の目的とは…！？
古豪・烏野高校排球部が新チームとして再生していく姿を、迫真のドラマとバレーアクションで描いた前編『ハイキュー！！終わりと始まり』。続く本作では、新生・烏野が全国大会出場を目指し、宮城県インターハイ予選に挑む。立ちはだかるは、県ベスト４の強豪・青葉城西高校！それを率いるのは、中学時代の影山の先輩にして、県Ｎｏ．１セッターとの呼び声高い及川徹。圧倒的な経験とチーム力を見せつける青城を前に、カラスたちは羽ばたけるのか－！？
ふとしたきっかけでバレーボールに魅せられた少年、日向翔陽。中学３年になった日向は、部員がいない逆風にも負けず、やっとの思いでメンバーを集め、最初で最後の公式戦に出場。しかし「コート上の王様」と異名を取る天才プレーヤー・影山飛雄に惨敗する。リベンジを誓う日向は憧れの烏野高校に入学するも、そこで影山と再会してしまう。はなから衝突の絶えない日向と影山だったが・・・。
