宿敵ザラとの直接対決で瀕死の重傷を負ったリスベットは、病院に収容され、厳重監視の病室で外部との接触さえ困難な状態におかれる。そんな中、亡命スパイのザラを利用して犯罪に手を染めてきた秘密組織が、関係者の口封じに動いていた。ミカエルにも危険が迫るが、弁護士や警備会社社長らリスベットの数少ない理解者たちを総動員して“狂卓の騎士”を結成し、巨悪に立ち向かっていく。そしてついに法廷での全面対決の時を迎える。
明晰な頭脳と映像記憶能力を持つ天才ハッカー・リスベットは、宿敵ザラとの直接対決で瀕死の重傷を負う。ミカエルが現場に駆けつけ、二人は一命を取り留めたが、リスベットを拉致した金髪の巨人を取り逃がしてしまう。病院に収容されたリスベットは、厳重監視の病室で外部との接触さえ困難な状態におかれる。そんな中、ザラを利用して犯罪に手を染めてきた秘密組織が、国家的スキャンダルを闇に葬り去ろうと関係者の抹殺を企てる。
雑誌『ミレニアム』で、少女売春組織の実態に迫る特集記事の準備を進めていたジャーナリストが殺害される事件が発生。現場にリスベットの指紋が付いた銃が残されていたことから、彼女は殺人犯として指名手配された。過去のトラウマから誰も信じられないリスベットは、独りで犯人と対決することに。一方、リスベットの無実を信じるミカエルは、独自に調査を開始する。やがて事件の背後に“ザラ”というキーワードが浮かび上がり…。
明晰な頭脳と映像記憶能力、天才的なハッキング技術を持つリスベットが、社会派雑誌『ミレニアム』の発行人ミカエルとともに、ヴァンゲル家の少女失踪事件を解決してから1年。リスベットは姿を消したままだった。『ミレニアム』では少女売春組織の実態に迫る特集号を発行しようしていたが、担当のジャーナリストが殺害されてしまう。現場に残されていた銃からはリスベットの指紋が発見され、彼女は殺人犯として指名手配される。
