メキシコ・バハ半島沖コラゾン島。この大自然が体感できる島で、カップルの関係修復を目的としたキャンプセラピーが行われていた。しかし、険悪ムードの参加者たちに、インストラクターのウィルは手を焼いていた。そんな中、連絡が途絶えていたスタッフのブラッドが、海で死体となって発見される。鮫の仕業と思われたが、無残な死体は何匹かに喰いちぎられた様だった。そして、恐怖に震える彼らの前に現れたのは、なんと頭が６つある鮫。あまりの衝撃に目を疑うが、この島では冷戦下に極秘の動物実験が行われていたという噂があった。彼らは急いで島へと避難するが、その怪物の前では陸地でさえも安心できる場所ではなかった―。
幾度ものシャークネードとの戦いで、全てを失ったフィン。悲しみに暮れる彼の前に現れたのは、未来からやって来た息子ギルだった。フィンは平和な時を取り戻すために、ギルの手配で時間旅行へと旅立つ。彼に与えられた使命は、過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅すること。原始時代に到着したフィンは、元祖シャークネード１号と対峙するが、凶暴な恐竜にも襲われ苦戦を強いられる。絶体絶命の窮地の中で現れたのは、死んだはずのノヴァとブライアン。彼らもまたギルに救われ、再びシャークネードと戦っていたのだ。彼らは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだ始まったばかりだった―。
ハワイ沖を哨戒中のアメリカ海軍駆逐艦が、沈没したロシア潜水艦を発見。潜水艇で生存者の救助に向かったリンチ中佐は、海底で巨大なサメと遭遇する。それは数百万年前に絶滅したと信じられていた、古代鮫“メガロドン”だった。リンチたちは脱出を図るが、潜水艇ごとメガロドンに飲み込まれてしまう。このままではメガロドンはハワイに到達、恐るべき被害が出ることは間違いない。ヤツの体内から潜水艇を救出し、モンスターを倒せるのか？兵士たちは、壮絶な戦いを挑むが……。
プエルトルコのパロミノス島。青い海と輝く太陽に恵まれたこの島は、絶えず観光客で溢れていた。平和な日々が続く中、突如地元警察に人間が鮫に襲われたという通報が入る。スターリング警部が現場に駆け付けると、誰も乗っていないクルーザーには、血痕とカメラだけが残されていた。そして、カメラに残された写真を見ると、そこには頭が４つある鮫が写っていた。スターリングは海洋学者のヨーに協力を仰ぎ、研究意欲を掻き立てられたヨーは元同僚のレッドと鮫を捕まえるために海へと向かう。しかし、その恐ろしさは彼女たちの想像を遥かに超えていた―。
未曽有の大洪水により、地表の９８％が海に覆われてしまった世界。僅かな生存者は、海面に村を形成し日々を生きながらえていた。しかし、暴君フィエン率いる一派が鮫を自在に操る装置を開発し、抗う者には獰猛な鮫を差し向け、その勢力を拡大していた。そんな中、ティモールとウィローが暮らす村にもフィエンの手先がやって来るが、貢ぐ資源も底を尽きており、代わりにウィローが捕らわれてしまう。ティモールはウィローを救うべく、共に戦う仲間を探しに旅に出る。一方、フィエンの要塞で捕虜となったウィローだったが、彼女には驚くべき力が宿されていた・・・。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
