酒乱の父によって、母が命を落とす現場を目撃してしまった幼児のヤスミン。25年後、検察官になった彼女は、知事の息子ティモシー・ロックによる妻殺しの事件を担当していた。ティモシーの容疑は明らかだったが、両親の事件と重なったヤスミンはショックから卒倒し、裁判は審理無効に。しかも父の事件を暴かれた彼女は、ティモシーを有罪にしたいがための検察側の不正だと決めつけられれしまう。騒ぎから身を隠すため、上司の命令でヤスミンは娘を連れ、姉ローラが暮らす故郷へ。隣人で精神科医のピーターの優しさもあり、ヤスミンは少しずつ落ち着きを取り戻していった。しかしそこへ接近禁止命令が出ている父が突然現れて…。
人口の７５％がオンライン上の仮想世界で暮らす２０４７年、ネオ・パリ。仮想世界と現実世界を行き来する“ハイブリッド”のナッシュは、仮想世界のシステムを脅かすテロリストを追跡、暗殺する私立探偵として現実世界の多国籍企業シンターニス社に雇われていた。ある日、シンターニスのシステムに何者かがウイルスを放ち、１４８人もの“コネクト”が殺される事件が発生。その事件の捜査依頼によってナッシュはスラム街から華やかな高級街、さらには複数の仮想世界へと導かれ、ついにテロ組織への潜入に成功する。しかし、気が付くといつしか多国籍企業、テロ集団、インターポールが繰り広げる危険なゲームの真っただ中に立たされていた・・・。過去と未来、バーチャルとリアルの間で板挟みになったナッシュは、彼の人生、ひいては彼が暮らす社会そのものにも大きな影響を及ぼすある決断を強いられる。
2001年9月11日の悲劇以降、アメリカを中心とした国連安全保障理事会は、テロや敵国に対する防衛措置として、高電流の放電で地上のあらゆる箇所を攻撃可能な究極の抑止兵器・電磁パルスの打ち上げを許可した。しかしある日、シベリアの国連基地がテロ組織ブラック・ホライズンに襲撃され、”キューブ”と呼ばれる衛星装置が奪われてしまう。追撃によってテロ組織は全滅したものの、キューブはK2北壁の銀世界に落下し、全世界に電磁砲の嵐が降り注ぐ無差別攻撃のカウントダウンが始まってしまう。
敏腕弁護士として熱心に働くローラだったが14年前、メイフェア波止場で娘が誘拐された過去を持ち、現在に至る今でも何度となく現場を訪れては、娘を探し続けてきた。当時、この悲劇が引き金となり夫とは離婚していたローラは、カウンセラーの勧めで同じ境遇の人たちが集まる支援グループに参加。その後ジェイコブという男性と知り合い、恋人関係になっていた。彼とつき合ううちに娘に対する想いに区切りをつけようと決意。事件以来そのままにしていた娘の部屋の整理を始め、衣類などを寄贈するためにシェルターに立ち寄ったローラだったが、そこでボランティアとして働くレベッカという少女を見かける。その時、ローラの中に眠っていた母なる直感と、チャームポイントだった首の後ろにあるハート型のアザを見た瞬間、彼女こそが娘のゾーイだと確信するのだが…。
