一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
