雑誌『ミレニアム』で、少女売春組織の実態に迫る特集記事の準備を進めていたジャーナリストが殺害される事件が発生。現場にリスベットの指紋が付いた銃が残されていたことから、彼女は殺人犯として指名手配された。過去のトラウマから誰も信じられないリスベットは、独りで犯人と対決することに。一方、リスベットの無実を信じるミカエルは、独自に調査を開始する。やがて事件の背後に“ザラ”というキーワードが浮かび上がり…。
明晰な頭脳と映像記憶能力、天才的なハッキング技術を持つリスベットが、社会派雑誌『ミレニアム』の発行人ミカエルとともに、ヴァンゲル家の少女失踪事件を解決してから1年。リスベットは姿を消したままだった。『ミレニアム』では少女売春組織の実態に迫る特集号を発行しようしていたが、担当のジャーナリストが殺害されてしまう。現場に残されていた銃からはリスベットの指紋が発見され、彼女は殺人犯として指名手配される。
