未曽有の大洪水により、地表の９８％が海に覆われてしまった世界。僅かな生存者は、海面に村を形成し日々を生きながらえていた。しかし、暴君フィエン率いる一派が鮫を自在に操る装置を開発し、抗う者には獰猛な鮫を差し向け、その勢力を拡大していた。そんな中、ティモールとウィローが暮らす村にもフィエンの手先がやって来るが、貢ぐ資源も底を尽きており、代わりにウィローが捕らわれてしまう。ティモールはウィローを救うべく、共に戦う仲間を探しに旅に出る。一方、フィエンの要塞で捕虜となったウィローだったが、彼女には驚くべき力が宿されていた・・・。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
