世界大戦争終結から数年後。生き残った四つの忍者一族は、それぞれに不思議な能力を纏っていた。火拳を放つ「サザン」、強力な咬合力を持つ「マイティー・デザート・ドラゴン」、妖力で男を惑わす女系「サイレンズ」、そして、ある理由で人目を避けて暮らす、電磁波を操る「ザ・ロスト」。ケージ率いる「ザ・ロスト」５人は、全忍者の最高指揮者フミタカの招聘で地中深くの隠れた会議所で行われる平和会議に参加する。フミタカが「我々に脅威が迫っている、今こそ団結すべき」と宣言した直後、彼はその場で暗殺されてしまう。フミタカの部下に濡れ衣を着せられたケージは他の忍者たちに襲われるも、仲間とともにその場を切り抜ける。地中を彷徨ううち、ケージたちは恐ろしい真実を知ることになる。そして、ケージたちを追ってきた他の一族たちも同様に…。果たして彼らの、忍者たちの運命やいかに！？
