関ヶ原の戦いより数年後、ようやく戦乱が忘れられようとする時代――徳川家康の側近である天海僧正は、幕府存続の為に強大な奴隷忍者軍団を形成し、関東一円を支配しようとしていた。一方、関ヶ原の戦いでは豊臣方に付き、逃走した忍びの集団が山奥に独自の村を築いていたが、その一つが疫病に悩まされており、その調査の為にくノ一たちを差し向ける……。くノ一のひとりである彩芽（あやめ）は、仲間であるサツキ、楓（かえで）と共に疫病の村に赴くが、そこで天海の手下である奴隷忍者軍団＜邪門衆＞と遭遇、彩芽は血を弾丸のように発射する忍法で撃退するが、それはくノ一ＶＳ邪門衆という戦いの火種となってしまった……。
