雨が降らなくて困っているグリーンウッドの人たちのために、「そらとぶふね」を作って、空から雨を降らせる手伝いをすることになったしまじろうたち。船づくりを邪魔するガ―ビーズたちやさまざまなトラブルに苦戦しながらも、しまじろうたちは力を合わせて頑張ります。はたして、無事、船を完成させて雨を降らせることはできるのでしょうか？
ヒーローランドは、発明家の女の子「うるる」が作ったあこがれのヒーローやヒロインに会える世界。大喜びのしまじろうたちだったのですが、そこに悪いロボットが現れてヒーローランドは大ピンチ…。しまじろうたちは力を合わせて助けることができるでしょうか。
ある日、しまじろうは迷子のポカポムとまほうのしまへ冒険に出かけます。そこでは、毎年来るはずの春が来なくて魔法使いのアウラや村人たちが困っていました。みんなで協力して春を呼ぼうとするのですが、いたずらな３兄弟がやってきて…。果たして、まほうのしまに春を呼ぶことはできるのでしょうか？
