大好きだった親友は、“秘密”を残して姿を消した――公募展で大賞に選ばれた「作者・ハウン」という記載だけで応募された絵画。そこに描かれていたのは、高校生のミソだ。ギャラリーの担当者から、ハウンとコンタクトを取りたいと連絡を受けたミソだが、ハウンとは幼い頃に遊んだだけの仲だと語る。ハウンのブログにはミソとの深い関係が綴られているにも関わらず…。ミソとハウンは小学生からの大親友。性格も価値観も育ってきた環境も正反対だが、唯一の共通点は絵を描くのが好きなことだった。ずっと一緒に生きていくと約束する2人だったが、17歳の夏、ハウンに恋人ジヌができたことで少しずつ気持ちがすれ違っていく。そんな中、ミソは済州島を離れてソウルで暮らすことを決意。しかし、ソウルでの暮らしは精神的にも肉体的にも過酷だった。生きていくだけで必死な日々を過ごしていたミソだが、ハウンには絵の勉強をしながら旅をしていると嘘の手紙を送っていた。それから5年が経ち、再会を果たした2人は、釜山旅行に出掛ける。久しぶりに2人で過ごす時間に気持ちが昂るも、価値観の違いによって大喧嘩に。それを機に、疎遠になっていた16年目のある日、ハウンは忽然と姿を消した。2人だけの“秘密”を残して…。
韓国・済州島の秘密研究所アークが何者かに襲撃され、惨たらしい殺戮の中でひとりの少女が生き残る。その少女は、遺伝子操作によって超人的なアサシンを養成する＜魔女プロジェクト＞の実験体だった。初めて研究所の外に足を踏み出した少女は、心優しい牧場主の女性ギョンヒとその弟デギルのもとに身を寄せ、少しずつ人間らしい感情に目覚めていく。しかし並外れたスーパーパワーを秘めた少女を危険視した＜魔女プロジェクト＞の創始者、ペク総括は、彼女を抹殺するためにスゴ腕の女性工作員チョ・ヒョンを送り込む。時同じくしてアークを壊滅させた超能力者集団“土偶”と、地元の犯罪組織も牧場に押し寄せ、ミステリアスな少女との壮絶なバトルの火ぶたが切られるのだった…。
１４年前、当時女子高生だった被害者を同級生が集団で強姦。その動画はネットにアップロードされ韓国全土に衝撃を与えた。「マリオネット事件」と呼ばれた惨劇は、人々の記憶に深く刻まれることとなり、犯人逮捕後も被害者だったミナが当たり前の人生を歩むことを阻んだ。しかし彼女はソリンと名前を変え、愛する人との結婚も間近に控え一歩ずつ人生を取り戻していた。だがそんな矢先、彼女を再び悪夢へと誘う一通のメールが届く…
