フリーライターの雅とその友人の慎一の二人は特ダネを探しに、人里離れた民泊の宿を訪れることとなった。そんな二人の前にカズキという青年の姿をした幽霊が現れる。実はカズキは宿の管理人の田崎という男の甥っこだったのだが、田崎と喧嘩別れした事が心残りで成仏できないでいた。カズキを無事に成仏させるため霊と交信できる不思議な能力を持つ慎一と何の能力も持たないが性格だけはまっすぐで純粋な男、雅が手助けすることとなるのだったが・・・。
校舎にある時計の針が、まもなく深夜0時を指そうとしている頃、学校は人間に見つからないように妖怪たちが通う『百鬼夜高等学校』となる…。今回は、学生生活で最も楽しみな一大行事「修学旅行」をテーマに、百鬼夜高等学校のいつもの面々が、妖怪の本場の地・京都に乗り込み、深夜0時から始まる修学旅行を満喫するはずでしたが…!?
西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者（さにわ）は、かつての刀剣を目覚めさせた。歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士”という。天正十年六月二日京・本能寺。明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変”に、歴史改変の魔の手が迫っていたー。
