天界と地上の間にある街、三ツ瀬。美しい海を見下ろす山の上に、老舗旅館「天間荘」がある。切り盛りするのは若女将の天間のぞみ（大島優子）だ。のぞみの妹・かなえ（門脇麦）はイルカのトレーナー。ふたりの母親にして大女将の恵子（寺島しのぶ）は逃げた父親をいまだに恨んでいる。ある日、小川たまえ（のん）という少女が謎の女性・イズコ（柴咲コウ）に連れられて天間荘にやってきた。たまえはのぞみとかなえの腹違いの妹で、現世では天涯孤独の身。交通事故にあい、臨死状態に陥ったのだった。イズコはたまえに言う。「天間荘で魂の疲れを癒して、肉体に戻るか、そのまま天界へ旅立つのか決めたらいいわ」。しかし、たまえは天間荘に客として泊まるのではなく、働かせてほしいと申し出る。そもそも三ツ瀬とは何なのか？天間荘の真の役割とは？
母のように慕っていたシアンの死後、心を閉ざしてしまった人形パルムは、傷ついた女戦士コーラムから託されたトートの卵を抱いて旅に出ることに。旅の途中でパルムはさまざまな人間達と出逢い、心を通わせる…地底人のシャタとその仲間たち、シアンの面影をもつ心優しい少女ポポ。そして、パルムは地底世界タマスに行けば自分も人間になれることを知る。「ボクは人になるんだ。ポポのために…」しかし、託されたトートの卵には、地底世界を崩壊させる秘密が隠されていたのだった…！パルムが旅の果てに見るものは…!?
広島県呉に嫁いだすずは、夫・周作とその家族に囲まれて、新たな生活を始める。昭和19年、日本が戦争のただ中にあった頃だ。戦況が悪化し、生活は困難を極めるが、すずは工夫を重ね日々の暮らしを紡いでいく。ある日、迷い込んだ遊郭でリンと出会う。境遇は異なるが呉で初めて出会った同世代の女性に心通わせていくすず。しかしその中で、夫・周作とリンとのつながりに気づいてしまう。だがすずは、それをそっと胸にしまい込む……。昭和20年3月、軍港のあった呉は大規模な空襲に見舞われる。その日から空襲はたび重なり、すずも大切なものを失ってしまう。 そして、昭和20年の夏がやってくる――。
６人の大学生が相乗りし、広大な山道を車で横断していると、タイヤがパンクする。タイヤ交換を担当した男は、パンクはアクシデントではなく、銃撃を受けていたことに気づく。その時、既に彼らは「何か」の標的になっていた…。
