男と女の二つの性器を持って生まれた少年。やがて彼は男性器を失い、女性へと変わっていく……。『樹の上の草魚』は、この不思議な運命を背負って生まれてきた少年と、彼に魅かれていく青年の、可笑しくも奇妙で、そして静かな愛の物語である。男と女の二つの性器を持つ少年・比呂司と、性的不能の青年・亘。静かに友情をはぐくむ二人だったが、やがて比呂司の男性器は離脱し、美しい女へと生まれ変わっていく。男の心、女の心の間で、戸惑い、拒絶しながらも、比呂司を受け入れていく亘。二人の友情がゆっくりと〈純愛〉に移り変わってゆく様が、静かな音楽、緑の光溢れる映像で綴られ、見るものを優しく包みこんでいく。
釣りに出かけ、偶然男女の争いに巻き込まれ、衝動的に殺人を犯しまう老人たち。花見で偶然の出会いから殺し合いにまで発展してしまう男女の惨劇を凝視する初老の男。戦後間もない頃のバラックで暴れる無頼漢サブの愛と別れ。行きどころのない老人の彷徨。バス事故に運命を翻弄される被害者遺族たちの顛末。これらが複雑に絡み合い、やがて……
