高校の同級生の秋吉純太（アキ）と藤城春継（ハル）は別々の大学に進学するも、静かな住宅街にある一軒家でルームシェアをしていた。大学4年生になり、就職活動に勤しむ二人。写真家の道に進むことを決めたハルは写真スタジオに、アキはインテリア雑貨の会社に内定が決まる。米山と麦田、あずさ、雪乃を招いた就職祝いの「たこ焼きパイ」パーティで盛り上がったその夜、アキに一通のメールが届く。それは、勤務地が大阪に決まったという知らせだった。一緒に暮らせるのも卒業まで残りわずか。寂しい気持ちとモヤモヤを抱える二人の間には、どこかよそよそしい空気が流れていた。そんなある日、ハルの姉・立夏が結婚報告をしに会いに来る。結婚の決め手になった話を聞いたアキは、ハルに友情以上の感情を持っていることに気付く。しかしアキは、ハルにはこの感情を打ち明けないことを心に決める。一方、大阪への勤務が決まったと聞いた時から、ハルは心ここにあらずだった。このまま4年間暮らした一軒家を引き払い、穏やかで幸せだった同居生活は終わってしまうのか…。そして、社会人を迎えるアキとハルの行く末は…？
校舎にある時計の針が、まもなく深夜0時を指そうとしている頃、学校は人間に見つからないように妖怪たちが通う『百鬼夜高等学校』となる…。今回は、学生生活で最も楽しみな一大行事「修学旅行」をテーマに、百鬼夜高等学校のいつもの面々が、妖怪の本場の地・京都に乗り込み、深夜0時から始まる修学旅行を満喫するはずでしたが…!?
