さまざまな人びとが行き交い賑わう原宿で、たった一軒残る銭湯・明治湯を継いだ英雄の前に、天使が現れる。天使は英雄を天国へ連れて行くために現れたのだが、カラフルな原宿の街に心を奪われて本来の予定よりも3日遅くなってしまったという。天使が原宿に強い興味を持っていることを知った英雄は、原宿のことをいろいろ教えるかわりに寿命を延ばしてほしいと交渉し、天使はそれをあっさりとOKする。天使は人間として英雄と人間の世界で生活することを決める。天国行きまでの時間に猶予ができ、英雄は安堵するが、その残り時間はわずか7日間だけだった。
大学生の奈央は学校での人間関係や恋愛に嫌気が差し、中退を考えていた。そんな折、父・博一の提案で、彼の3度目の結婚相手である綾と台湾旅行をすることに。父の再婚相手というだけで良く知らない女性との旅行に不満を抱えながらも、せっかくだから思い切り楽しもうとする綾。そんな彼女の台湾旅行には、思いがけない出会いが待っていた。
西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者（さにわ）は、かつての刀剣を目覚めさせた。歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士”という。天正十年六月二日京・本能寺。明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変”に、歴史改変の魔の手が迫っていたー。
