祠堂学院の受験の日、タクミ（葉山託生）はひと際目立つ存在のギイ（崎義一）と廊下ですれ違い、その出で立ちと美貌に目を奪われる。タクミは、人に触れたり触れられることができない人間接触嫌悪症のため入学して間もなくクラスの中で変人扱いされるが、唯一仲良しで寮が同室の片倉利久のおかげで何とか高校生活を過ごしていた。そんな安穏とした生活も束の間、図書室で3年の麻生圭から校内での「祠探し」のイベントに一緒に参加しようと誘われたり、ギイに好意を持つ高林泉が親衛隊と共にタクミに難癖をつけくる。高林は、ギイにぞっこんだったが全く自分に振り向いてくれないばかりか変人のタクミを気に掛けていることに気付き、嫉妬してついにタクミを攻撃する事件を起こす…
京極さくら（松本莉緒）は、高級クラブ「京桜」のママで黒不二組若頭 京極龍一（真木蔵人）の妻であり、警視総監直轄警視庁総務部統計課特別室室長付きの隠密捜査官でもある。警視総監直轄警視庁総務部統計課特別室室長 天神恭一（中村橋之助）は、さくらの義侠心とクラブのママ、極道の妻としてのネットワークを利用する為、夫の刑期短縮を餌に特別捜査官をさせる。事件は、新生の麻薬取引に関する組織の捜査のため、天神が送り込んだスパイが虐殺されてしまったことに始まる。警察内部に密通者がいるらしいとのことで、新しいＳ（スパイ）が必要となり、その矛先がさくらに向けられた――。
昭和21年、横浜で幅を利かせていた愚連隊・林喜一郎の弟三郎、出口、吉水、清水らの元に、「中国で八路軍に撃たれて死んだ」はずの林が生きて帰ってきた……。ある日、半死半生の姿で、吉水の家の前に清水が置き去りにされた。それは、博徒の顔役の親分衆である笹田によるものだった。林と吉水は話をつけるため乗り込んでゆくが、東海道一の親分、鶴岡が間に入り事を治める。しかし、またしても愚連隊の若い衆がやられたのだった。林、吉水らの怒りは爆発し、横浜中の愚連隊を集めて果たし合いを申し出る。この一件以降、縁あって知り合った稲川総裁の人柄に惚れ込んだ愚連隊の出口と井上は稲川会へ入ることを決意。横浜四天王と呼ばれた大物愚連隊も林、吉水だけとなり、横浜の勢力バランスが崩れ始める。愚連隊のトップとして君臨する２人の間に亀裂が入り、争いが起こるのだった……。
