仲間たちと楽しい学校生活を送っていたフェリックス。ある日、大昔にオットーの代わりに学校を支配しようとしていたフルダ・シュテッヒバルトの骸骨に誤って魔法の薬品がかかってしまい、彼女が生き返ってしまう。フルダは再び学校の支配を企みシュミットとフェリックスの両親を小さくしてしまった。彼女の企みを知ったフェリックスはエラやマリオたちと、学校を守るための作戦を決行！フェリックスは両親を元のサイズに戻し、学校をフルダから守り抜くことが出来るのか？！
パイロットを夢見る少年フェリックスは、新しい学校に転校してきた。転校初日、フェリックスはクラスのリーダーマリオに「夜中に旧職員室に忍び込め」と言われ、渋々学校に忍び込むことに…。案の定、校長先生に見つかってしまったフェリックスはとっさに“先生が小さくなるように”と願った。すると…校長先生が本当に小さくなってしまった！さらにフェリックスは学校が廃校の危機であることを知る。果たしてフェリックスは先生を元のサイズに戻し、学校を救うことができるのか？！
