カナダでのスパイ任務に失敗し警察に逮捕された初老のビル。運よく組織の手回しで釈放されるも、ビルを引き取りに来た元パートナーのマーガレットから年齢と失敗続きを理由に組織からの引退を勧告される。スパイ生活の幕引きを突きつけられ意気消沈するビル。その夜、ビルがスーパーマーケットで買い物をしていると、強盗に遭遇。その強盗を撃退しようと動き出したビルの目の前で、若者アーロンが果敢に強盗を取り押さえ、瞬く間に退治した。アーロンの能力の高さを気に入ったビルは、彼を新しいパートナーに据えるべく厳しく指導を開始。アーロンの修行が一段落する頃、ビルはカナダの資産家リチャード・ナイトが黒幕だと思われる麻薬組織に目をつけていた。
聖ゲネシウス大学で教鞭をとる天才宇宙物理学者のジニーン・マーカム教授は、古代から科学と宗教が戦い続けてきた「神はいるか」をテーマに講義をしようとしていた。その前日、彼女は夫のノエルと娘ローラと共に交通事故に遭遇、夫ノエルは亡くなってしまう。悲劇の中にいても神を否定するジニーンは、神を信仰する学生や司教とも対立。論争にどうしても勝ちたい彼女は、ある日、ジェシカという老女からの手紙を受け取る。ジェシカは高名な学者だったが、長らく消息不明だった。そんなジェシカが神の存在を否定できる証拠を持っていると伝えてきたことから、ジニーンは彼女のもとを訪ねるが…。
