サンゴ礁に囲まれた、美しい海底王国。おそうじが得意なパロットフィッシュのアレックスは毎日海をパトロールするのが役目。ある日、パトロール中に魚たちが黒いものにつかまっているのを見つけ、助けてあげた。しかしこの黒いものは日々増えていくようだ。ミノカサゴのチャールズ国王にこの事態を報告するも、国王は気にしないでおけと言うばかり。美しい海底王国がどんどん黒いもので汚れていくのを見かねて、アレックスはパトロール隊を結成する。親が過保護で子ども扱いされるピンクタツノオトシゴのクリスティーン、自分の殻にとじこもってばかりのキミドリウツボのエラノア、この黒いものを伝説のダイオウイカが吐き出したイカスミではないかと疑う物知りなハリセンボンのエド、そしてアレックス。黒いものの正体を突き止めるために安全なサンゴ礁から出て旅に出た4匹だったが、その行くてには手ごわい敵たちが待ち構えていた！
