ワシントンDC周辺に奇怪な気象現象が発生！ホワイトハウスを竜巻が襲い、半壊の被害を受ける。警察官のデヴィッドと弟ジェイコブは、父親であり有能な科学者の博士グランジが、過去の遺恨を晴らすために、気象をコントロールしているのではないかと疑っていた。博士の下で働くサマンサも同じ疑いを抱き、ジェイコブにその危険性を伝えていた。その後、博士が気象兵器を操っていることが明るみになり、放送局をハッキングして気象テロを起こすと宣言する。その後、博士が操る超ド級のメガ竜巻がゆっくりとワシントンDCに接近していく。
ホローマン高校の卒業を間近に控えた男子生徒クエンティン。彼は、殺人カルト教祖だった初代校長、故ダンフォースを祖父に持つという、誰にも言えない秘密を抱えていた。しかしある放課後、歴史教師のマイヤーズにその秘密を暴かれてしまい、祖父の形見である金のコインを奪われてしまう。すると突然、学校が大きな地震に襲われ、プロムの準備に追われていた生徒や教師たちは大混乱。唯一、学校に何が起きたのかを悟ったのは、寡黙な清掃員オーティスだった。クエンティンと仲間たちは脱出を図るが、不思議にもドアや窓は一切開かず、外に出られない。さらには延々と続く廊下や、縮んでいく教室など、校内のあちこちで起きる不可解な現象が現れ始める。
野生のアリゲーターが数多く生息する、ルイジアナ州の湿地帯に囲まれた田舎町。都会の大学に通うエイブリーが4年ぶりに帰郷。実家のドウセット家は、沼地でワニを商売にして暮らしていた。一方、対立関係にあるロビショ一家は、化学薬品を混ぜた密造酒で生計を立てていた。しかし、出来の悪い酒を川に廃棄していたことで、沼に生息するワニたちは凶暴なモンスターへと変異していた…。ワニ猟が解禁となる前日、沼で釣りをしていた男がワニに襲われ、丸飲みされる事件が発生。そのワニは只者ではなく、巨大化し、棘のあるしっぽを持った新種のアリゲーターだった！居合わせた警察官は銃で応戦するも、犠牲者は続出してしまう。
アメリカ・オザーク高原にバカンスに来たリック一家。湖の周りでは、花火大会を楽しもうと、大勢の人で賑わっていた。家族だけのバカンスに消極的だった娘のモリーも、恋人で兄ハリソンの友人でもあるカーティスのサプライズ参加に喜びを隠せないでいた。家族がそれぞれ自然を楽しもうとした矢先、川に入った祖母が突然現れたサメに襲われてしまう。急いでハリソンとカーティスに助けを求めるモリーだったが、戻った現場には、祖母の帽子が水辺に残されていただけだった。前代未聞の事態にパニックになりながらも両親の安否を気遣う3人だったが、湖でカヌーを楽しむ父リックと母ダイアンにも不穏な影が近づいていた。
ベンとカラ夫婦は養子のライリーを迎え暮らしていたが、実母に虐待された過去をもつライリーは、よき母親になろうとするカラに懐かず心を開かなかった。ある日ライリーの子守り、ケルシーが火事騒動を起こして辞めることになり、新たにアリッサを雇い入れた。彼女はライリーの心を掴み、すぐに友達のような仲になっていった。久々に見たライリーの笑顔に、カラは安堵しながらも一抹の寂しさを覚え、さらに疑心暗鬼になったのが、ライリーの実母から届く手紙だった。その内容は、過ちを反省してライリーへの面会を願うというもので…。
夫婦の記念日にも関わらず、夫チャーリーの帰宅が遅いことから、メアリーは隣人夫婦の夫トレバーと自宅で飲んでいた。酔っていい雰囲気になりキスを交わしてしまうが、すぐ我に返るメアリー。拒絶されたトレバーは、不在がちのチャーリーの浮気を疑わせる言葉を残し、不満げに帰って行った。その日の深夜、仕事から帰宅したチャーリーは、2人の記念日を忘れていたとメアリーに謝罪するが、その時、彼の背中についていた傷から、メアリーは浮気を疑い始める。数後日、メアリーのもとにチャーリーからの無言電話がかかってきた。不審に思い彼の仕事場を訪れると、背中をナイフで刺されたチャーリーが横たわっていて…。
とある夜、ホルター石油会社が採掘を行う第3現場で、青い炎が浮き上がる謎の遺物が発見される。先住民の物だと考えられ、作業員の1人が責任者のスタークに連絡するも、一刻も早く採掘を成し遂げたい彼によって爆破するよう命じられる。しかし大量の爆薬をもってしても、遺物を破壊することは不可能だった。するとその時、遺物を包む青い炎が消え、謎の獣が出現し、作業員たちを次々と襲い、瞬く間に惨殺してしまった。一方その頃、土地買収を強引に進めていたスタークの弁護士マリアが町に到着する。彼女はこの町の保安官の娘で、仕事のため3年ぶりに故郷へ戻ってきたのだが…。
小規模な地震が相次ぐルイジアナ州。家族で経営する観光ガイドの仕事すら満足にこなせず、酒と女に溺れるダメ男のポールは、父の命令でバスツアーの運転手兼ガイドとして、数名の乗客を迎い入れバスを走らせていた。そんな道中、道路にできた大きな地割れを発見。様子を見るためバスを降りる一行だったが、バイオガスの臭いが充満するなか、手のひらサイズの目のない白いクモが複数いることを確認。生物の教師だという乗客によれば、地底生活で目が退化した新種のクモとのことだった。その直後、無数の巨大グモが至るところから出現し、街を混乱の渦に巻き込んでいく。
ネット管理の仕事をしているジェシカは、高校の同窓会に参加。新聞記者となったシンシアや、プロムキングだったポールと結婚したカレン、当時ジェシカに片想いしていたと思しきジョシュらと再会し、再び交流を深めるようになっていく。1年後、カレンのブログがポールとのツーショットから自撮りオンリーに、さらには高所恐怖症の彼女がハワイ行きの飛行機に乗って投稿しているのを不審に思ったジェシカは、カレンの家へと赴く。すると、夫ポールから彼女は今オアフにいると告げられる。1学年下のダイアナも、自分がハワイ行きの飛行機を手配したという。しかし、ポールが同級生のレベッカを家に招いている現場を目撃したジェシカの疑念は募るばかりで…。
